常规烹饪和微波烹饪的过程中都可能引起一些蛋白质分子的结构改变，在一定的条件下，如174～176℃条件加热10分钟(1989年Lubec发现)会产生D-氨基酸。D-氨基酸是否对人体不利众说不一，有人认为摄入一定量后对肾脏、肝脏有少许毒性，但目前没有发现任何进一步研究和结论性的报道。
微波加热对营养素的影响根据时间和体积功率不同而不同。一般而言，微波加热食物中维生素A的损失在10%～27%之间，维生素B2和维生素E的损失约为3%～19%，维生素B1的损失则介于24%～55%之间。
宝宝的食品应该以新鲜、干净、营养全面等为前提，妈妈应该尽量给宝宝准备营养全面，容易消化的食品。所以现在超市里的琳琅满目的微波食品、速冻食品因为其加工时间无法确定，是否有添加剂也需要考察，所以妈妈不妨还是费些时间亲手给宝宝准备最新鲜的食品。用微波炉给宝宝加热食品因为时间短，加热的食品以水、果泥等为主，还是可以不要过于担心，放心使用。
虽然微波炉可以快速加热食物，但不推荐用它来加热婴儿奶瓶。婴儿奶瓶可能摸起来是凉的，但是其中的液体可能已经非常烫，会烫伤婴儿的口腔和喉咙。而且，在密闭容器中的液体膨胀可能会造成爆炸。
无论对于挤出的母乳还是喝剩下配方奶来说，微波炉快速加热都会导致一些保护因子可能被破坏。用热水晤热瓶子，然后用手腕来试一试奶的温度，可能会花费更多的时间，但是对宝宝来说会健康安全得多。
更要紧的是，在微波炉当中加热可能会造成奶粉成分的轻微改变，这种改变会导致什么后果是个未知数。
对于婴儿配方食品来说，这可能意味着某些维生素的损失。因此，不管是营养元素的流失、改变还是保护因子的破坏，都对宝宝的健康不利。 正确的方式是：控制好奶的温度。宝宝的奶粉适宜用50-60度的温开水冲泡，太热会破坏奶粉的营养成分或者所买奶粉表明的温度，每次吃剩下的奶一定要倒掉，不能留到下一餐再吃，因为牛奶很容易会造成细菌培养基，可导致宝宝腹泻食物中毒。