游戏开始后先是一段CG，回忆一二代的剧情，然后画面转到战场上。 连按左键使用袖刀攻击，最后回到前作结束时的画面。
从房间出去之后遇到Mario，按住E键使用鹰眼可以看到从墙上爬到上层的路线， 按右键小跑，右键加空格冲刺，爬上去之后和Mario会合，然后跟着他离开这里。
路上遇到人群的时候按shift可以把人推开，遇到敌人后按左键攻击，右键防御， 敌人攻击瞬间按右键加左键防守反击。
跟着Mario一路飞檐走壁，爬上一栋塔楼之后把苹果交给Mario，然后两人一起跳了下去。
一段载入之后来到了自己的城外，骑着马跟着Mario，进城之后遇到妹妹， 三言两语之后去地图上的三个任务点，分别是帮一个女人搬东西。
帮Mario的手下抓马。跑到马的侧面，按shift可以骑上马，然后骑到目标点把马交给Mario的手下。
找到工匠修好加农炮，然后对着远处的目标练习射击，shift使用，右键射击。
三个任务都完成后去Mario的房子，和几个人交代下之后去二楼自己的房间， 入浴之后和女女睡了一夜，早上起来之后听到了炮声，然后一颗炮弹飞进房间。
来到室外之后发现城市遭到了攻击，炮弹四处乱飞，跳到楼下后骑马到城墙下， 然后从梯子上爬上城墙。
尽可能快的跑到加农炮那里，在城市被破坏之前轰掉下面敌人的大炮， 左边的加农炮被毁后去用右边的。过一会敌人登上了城墙，过去支援友军。
普通步兵之前已经遇到过了，解决掉之后出现拿斧子的重型兵，普通攻击能被防住， 先按空格踢他一脚后再用武器攻击才可以干掉。
杀光敌人之后城市的大门被炸开，进来的是Mario和游戏一开始遇到的那个男的， 他拿到了苹果，而且准备杀掉Mario。Ezio匆忙冲过去，不过没能够阻止他。 Mario被杀，Ezio也中弹从房顶落下。
被几个手下救起来之后和他们一起杀到Mario的房子那里， 房前Ezio的妹妹正在被袭击，过去救出妹妹，然后跟着她进入家里的暗门， 从地下通道跟着平民一起逃走。