结构是论文的骨架，骨架清晰整洁了，会从很大程度上帮助读者理解文章内容——读者最在乎的就是快速读懂文章，不清晰的文章，即使内容再有价值，也会让人厌烦不堪。结构清晰的文章可以在审稿人那里得到很高的印象分，而且事实也证明：好的文章，其结构都是清晰的。 论文的基本结构如下： Introduction——Literature Review——Experiment/Method——Results——Discussion——Conclusion。 这里相邻的部分有时候可以合并，比如有些论文Introduction里面就包含了Literature Review，有的论文将 Discussion和Conclusion放在一起。但是即使是在同一个小标题下面，也应该在不同段落出现。对于包含实验的研究来说，Experiment/Method一般就是介绍Experiment的相关内容，对于没有实验的文章，比如社科的文章很多都是用二手数据，就需要介绍数据来源和处理方法。 这里所说的论文包括学位论文和期刊论文。不同之处是博士论文的论点可能不止一个。博士论文在讲述研究主线的同时可以向旁边展开；而一篇期刊论文只能讲述一个论点，枝叶都要砍掉，这也是期刊论文要限制篇幅的原因。往往从一篇论文砍掉的枝叶，都可以作为另一篇或很多篇论文的主干。
我们以实验类的论文为例。
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Introduction部分需要介绍研究的背景，研究问题是什么，为什么这个问题重要，已经有哪些方法用过了。
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然后紧接着进入下一步，详细介绍以及评估已经用过的方法，也就是论文第二部分Literature Review。Introduction和Literature Review也可以被称为历史性的阐述。
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接下来第三部分Experiment需要介绍本研究所进行的工作，必须非常简明，以让其他研究者可以重复这项工作。不易阐述的操作可以用绘图的方式解决。其实，这是研究最核心的部分，操作和原料的对错关系到整个研究的价值。
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第四部分Result就是整理汇报第三部分的结果，只是客观表述，尽量少加评语。
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第五部分Discussion才是掺加个人理解的部分，这是对研究结果的解读。第六部分conclusion即是本研究最后得到的结论。通常在这个部分，作者可以越过实验细节对全文进行通篇的回顾和总结，然后再给出结论。毕竟，实验环节的细节容易让读者钻进去而忘了全局。
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在论文正文的后面，通常还可能有Acknowledgement，这不是必须的。通常这个环节，作者可以鸣谢研究基金支持、导师指导以及同行讨论等。在Acknowledgement后面是Reference，即参考文献。参考文献其实是被很多作者忽略的部分。有经验的研究者都会很关注这部分，从某种意义上来说，这是论文的原材料。倘若某位研究者所使用的文献都是来自百科全书、新闻或者掠夺期刊，那么该研究的质量就可疑了，因为基石质量不够好。在参考文献后面有时会有Appendix附录。附录的内容通常是辅助读者了解论文的，除去附录，论文可以独立存在。有了附录，论文的支撑才会更加结实。
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