第一章：
藤姫先向你介绍基本情况，并请你以龙神神子身份拯救这个世界。战斗后，阿库拉姆夺取八叶的部分回忆，发散到不同的土地。本章不能自由行动，基本上就是了解剧情，与各人物见面。在PS版中设定不同的生日会影响八叶的感情（分好感度★和信赖度★两种），但在GBA中不行。
第二～五章：
任务是收集四神之咭。分青龙篇，朱雀篇，白虎篇，玄武篇4篇，顺序自定。建议带上同属性的两位八叶。有时间限制（* 日期与PS版本略有差入）。在这一部分，由于每章的敌人不变，不同八叶遇到相同的敌人会产生不同剧情。唯有玩4遍才能集满全部16种情节和不同的CG。拿到每章的四神之札，八叶便可使用合体术。（* 这里有GBA版本的BUG，以某种流程进行，便可以收集大部分事件的CG） 路线 青龙篇：（神楽冈）--- 神泉苑 --- 大文字山 --- 将军冢 朱雀篇：（东 寺）--- 罗生门遗迹 --- 剣神社 --- 吉祥院天満宫 白虎篇：（朱雀门）--- 蚕 社 --- 松尾大社 --- 一条戻 桥 玄武篇：（糺 森）--- 火之御子社 --- 深泥 池 --- 船冈山 * 青龙篇中，必须带鹰通、友雅、永泉其中一人去神泉苑
第六～九章：
开始时会让你选择天之路线，地之路线或者不选（* 和PS版本不同，在PS中只能两者选其一）。选择后会对以后的流程有重要影响。(原出处：newwise.com)每篇中一定要在规定时间内完成任务，找到封印石，否则无法封印四神。流程顺序随机： 青龙篇：音羽 滝 --- 松尾大社 / 罗城门迹 / 吉祥院天满宫 --- 桂 朱雀篇：墨染 --- 桂 / 野宫 / 蚕 社 --- 双 丘 白虎篇：野宫 --- 一条戻 桥 / 将军冢 / 神楽冈 --- 大豊神社 玄武篇：北山 --- 东寺 / 神泉苑 / 音羽 滝 --- 剣神社
第十章：最后决斗。先和阿库拉姆的黑麒麟恶斗一番，战胜后，阿库拉姆会让兰召唤黑龙