最初表现为脐部出现水浸状病斑，后逐渐扩大，致使果实顶部凹陷、但不破损，表皮完整。
发病的果实多发生在第1、2穗果实上，这些果实往往长不大，发硬，提早变红。
该病一般发生在果实长至核桃大时，病斑发生在果实顶端的脐部。
病斑初为水浸状暗绿色,不久变为暗褐或黑色的直径1-2厘米或更大的坏死斑。
高温所致高温引起叶片蒸腾作用增大，使得大量钙进入叶片，而高温又加速果实膨大，运入果实的钙相对减少，故易引起脐腐病。 气温高，土壤干湿不匀，水分供应不协调，影响植株对养分的正常吸收，最终导致植株体内缺钙，无法供果实生长发育， 发生脐腐病。
干旱所致钙的吸收是被动吸收，植株吸钙量与吸水量是呈正相关的，基质缺乏水分，植株吸水减少，则吸钙量也相应减少。 水分供应失调是发病的主要原因。根部缺水，不能满足叶片大量蒸腾的需要，以致叶部细胞渗透压比果实细胞渗透压高1-2个大气压，本应输送到幼果的水分被叶片吸取，果实突然大量失水，引起果肉组织坏死，形成脐腐果。
高盐度引发总盐浓度过高会妨碍对钙的吸收。随着电导率的升高，脐腐病发生率也升高。不同品种对高盐度的敏感性不同。 土壤过黏，碱性过大，导致根系发育不良，造成脐腐病发生。施用未腐熟的肥料，或施肥过多引起烧根，影响水分正常供应吸收，也促使发病。田间管理不善，耕深不够，松土层过浅，土壤板结，根系难以伸展，影响吸收水分;中耕不及时，高温，大风天打权整枝，伤流过多引起生理缺水发病。
低温影响根系温度太低，代谢缓慢，影响水分和钙的吸收，从而引发其病。
钾、镁、铵供给量太大元素之间有相互竞争关系，土壤中钾离子、镁离子、铵离子含量太高，导致根系发育不良 ，将影响钙的吸收。连年种植番茄，土壤中番茄所需营养相对减少，尤其是植株吸收的钙离子低于临界值。
供钙量太少近几年来种菜施用的有机肥越来越少，相对而言，化肥施入的越来越多，如：碳铵、尿素和磷酸铵类等，土壤溶液中的钙离子容易与碳酸根离子、磷酸根离子发生反应，结合成难溶于水的碳酸盐及磷酸盐，尽管钙元素不缺，却难以被植株吸收利用。土壤或水培营养液中钙浓度低于100ppm时，就会出现大量脐腐病果。因此钙浓度不能低于100ppm。铵态氮肥施用过多，土壤溶液中铵离子浓度偏高，直接影响植株根系对钙离子的吸收。
低PH值的影响PH值过低，则影响钙的吸收，在PH值为5.6-8的条件下，钙的有效性含量随PH值升高而增高。
高湿所致钙的被动吸收有赖于叶片的蒸腾作用。湿度过大，蒸腾作用就越小，植株吸钙量也就随之减少。 前期灌水过多，后期缺水，植株骤然受旱的情况下容易发病。用生长刺激素2，4-D或番茄灵处理的番茄以及用营养液栽培的番茄都易发病。
叶面补钙：番茄着果后1个月内是吸收钙的关键时期。可喷洒糖醇钙、1%的过磷酸钙，或0.5%硝酸钙溶液或0.5%氯化钙等从初花期开始，隔10～15天1次，连续喷洒2～3次。
增施生物有机肥：既可改善土壤结构，为根系生长发育创造良好条件，提高其吸收能力。又能增加土壤微生物群体数量，加快难溶性钙盐及其它养分的分解，提高土壤溶液中养分含量。
减施化肥：尤其是减施或停施含有磷酸根、碳酸根一类的化肥，改施普钙或钙镁磷肥，降低钙离子与磷酸根离子、碳酸根离子结合的机率，同时还能为植株生长发育提供必需的其它养分。
科学追施铵态氮肥：采用少量多餐的铵态氮肥追施方法，可降低土壤溶液中铵离子浓度，提高根系吸收钙离子能力。
均匀供水：生长期间，遇高温干旱需遮阳降温，小水勤浇；遇涝排除田间积水。土壤水分既不能缺少又不能过多，经常保持土壤湿润。
使用钙时，不可与含硫的农药及磷酸盐(如磷酸二氢钾)混用，以免产生沉淀。