水稻基因组数据库rgap中包含了水稻相关数据库,有基因组数据库、CDS数据库等。这里主要介绍如何根据已知序列搜索,即blast出相应基因的loci号、基因结构、CDS序列等信息。
工具/原料
1
电脑
2
已知的FASTA格式的序列
方法/步骤
1
进入http://rice.plantbiology.msu.edu/analyses_search_blast.shtml
2
可以选择红色方框里的数据库,主要用前面两个:genomic sequence 和 CDS sequence。分别是基因组序列和CDS(mRNA)序列。这里选择基因组序列数据库。
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在红色方框里粘贴FASTA格式的序列
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点击“submit”提交
5
点击blast result 中的 accession下的 LOC号,即红色方框的内容
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用genome browser中查看该基因信息,点选track下的general中的DNA/GC content ,--->update image ,再放大图像即可看到以下结果。
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