游戏的开场便是东海之滨的一场恶战，话不投机之后，一青年帅哥大战双龙，最后白龙被摆平，黑龙被惊走，青年帅哥也被偷袭受伤，但还是锲而不舍的追击，于是从主角身边一掠而过，就此消失。可惜主角雷太昊还是个没怎么见过世面的渔民小子，移形换位这事真就不懂，所以以为是自己眼花，转头就又陶醉在自己新做的鱼叉上。陶醉一番后决定立刻试用武器，就在家门口的浅海上开始用鱼叉抓螃蟹。结果刚刚抓到三只螃蟹，鱼叉却啪嚓一下断了。主角只得一脸晦气的回家搞定鱼叉。正烦恼间，一位少女闯进家门，说长老爷爷有事吩咐。雷太昊忙于鱼叉修理，对美貌少女爱理不理，少女大怒，揪着主角就出了门。
从天葵处拿到一些伤药后，出渔村，一路上免不了打些小怪涨涨经验值。来到东海之滨，正在准备捕鱼事宜，突然海上波涛滚滚，巨浪滔天。好在主角雷太昊同学并不是在海边白混日子的，险险躲过巨浪袭击后，感觉奇怪，到海边查看，才发现海滩附近多了一只昏迷不醒的搁浅巨兽。跑去打量巨兽，正好奇间，发现海滩上还有另一个人影，正是开场的青年帅哥。青年帅哥自言自语，说什么“这应龙果然厉害”，雷太昊完全不懂，不过表示自己有一把子蛮力，可以帮青年帅哥抓妖，那青年帅哥却让雷太昊哪凉快哪歇着去，别在这碍手碍脚，接着站起来走两步之后却扑街在地，而搁浅的应龙却正在慢慢醒来。
醒来的时候发现自己已经在村长老家中，原来是天葵不放心到村口查看，才救了雷太昊。雷太昊赶紧去查看青年帅哥如何，并问村里的姜大夫是否能救醒这位。姜大夫表示可以试试，不过要回去准备准备才行。主角向村长老和天葵说了今日的奇遇，并拿出炼妖壶，表演驭妖术，结果天葵看到炼妖壶后开始头疼。长老和雷太昊赶紧安抚紫天葵下来，让她不要多想，先去休息。
从清屿山采集到药石后，回去给姜大夫，雷太昊也觉得筋疲力尽，回去休息。天葵来送饭，雷太昊问天葵关于成亲的意思，天葵表示都听爷爷的安排，雷太昊却不置可否。次日再去长老居查看青年帅哥情况，姜大夫说自己医术有限，只能让青年帅哥保命，却不能救醒，但自己听说过东海里大若岩中有一位神医，可能会有法子，雷太昊于是决定去找神医。长老又告诉雷太昊炼妖壶大概是神州的神器，可以吸收妖魔，炼化为护驾，不过由于雷太昊的真元修行还太差，目前还不可以驾驭更强力的妖魔，否则就会像上次一样真元损耗过渡而受伤。
由于应龙洞口有数量众多的水蒾蔁，一旦靠近就会让人产生幻觉。好在巫佩兰知道岛屿西边的紫苏草可以克制水蒾蔁，不过岛屿西侧有神医布下的迷障阵，要采集草药只好破阵进入。雷太昊和巫佩兰来到到迷障阵，一番折腾后，终于采够了紫苏草，再次回到应龙洞口。
进入应龙洞后，行到深处，结果出现了另一条白色应龙，将这只应龙打败后，进入到内室，发现神医正在给一个半人半妖的怪物针灸诊治。神医看到女儿和一个男子来找自己，很高兴，并表示这应龙的伤势已稳定，让巫佩兰再看看，自己又去诊治另一条应龙，雷太昊感觉很奇怪，问神医为何要治疗应龙，神医说道医者父母心，即便是妖也有活下去的权利，并诉说了十六年前的一些往事。觉得两只妖都没危险之后，三人才一起离开。
到中州后，重华将太昊带到女娲宫，让其稍等，自己先去向女娲禀告一行事宜。由于很快能见到女娲，雷太昊很兴奋，结果天葵突然说自己不想见女娲娘娘了，雷太昊很惊讶，连忙追问，天葵却反问如果女娲是她娘亲，为何要遗弃自己，又为何遗弃后对自己不闻不问，雷太昊无言以对。便在此时，女娲有请。雷太昊劝慰天葵，还是等见过女娲娘娘后再说，天葵答应。
谒见女娲后，雷太昊发现果然女娲和天葵相貌神似。女娲娘娘也对三人十分关切，并询问了许多问题，但却否认了天葵是自己女儿。天葵却一口咬定女娲便是自己娘亲，伤心于女娲不肯相认，哭着跑开。雷太昊急忙追上去安慰。
雷太昊和巫佩兰来到中州城，巫佩兰提议去祭拜伏羲王庙。两人来到伏羲王庙，雷太昊对伏羲王雕像额头上的印记很吃惊，因为天葵以前也也有这个印记，不过后来长大就逐渐消失了。巫佩兰说这个印记是天选者印记，只有伏羲王一族才有这个印记，如果天葵也有印记，那么可以证明天葵就是伏羲王和女娲娘娘的女儿了。两人再度疑惑，为何女娲娘娘不肯与天葵相认。
雷太昊与巫佩兰来到天柱之基，正商议间，祝融出现，对女娲将这事交给两个孩子来办不屑一顾，然后给雷太昊种下了烈阳之息，让其好好使用，以对抗天柱中潜伏的妖兽。巫佩兰与雷太昊虽然感到祝融在这件事上帮忙很是奇怪，但祝融的烈阳之息确实增强了雷太昊的实力。
来到祝融营地，发现祝融营地壁垒森严。雷太昊从侧翼潜入营地，一路前行，在营地中部又遇见之前见过的除妖三人组拦路。再次将这三个家伙打败后，进入祝融营地深处，发现天葵昏迷在地。正焦急间，祝融到来，雷太昊质问祝融为何要将天葵掳来，祝融却不回答，只是让雷太昊看着天葵，然后使用法术，让天葵变成了人首蛇身的样子。雷太昊惊怒交加，质问祝融对天葵使用了什么邪法，祝融却说只是解除了天葵身上的禁制，这才是天葵的真面目，让雷太昊感觉带天葵回去给女娲。雷太昊大怒之下对祝融出手，却被祝融一击而退。祝融让雷太昊不要不自量力，然后走掉。雷太昊无法，转身查看天葵，才发现天葵额头上多了天选者之印，惊疑不定。
眼看祝融野心就要得逞，重华越众而出，使用了最强的禁制法术，将正殿中的人全部控制，并让女娲赶快带雷太昊三人走。女娲不忍，却被重华一再催促，只得忍痛离开。祝融即惊且怒，因为重华带伤使用如此霸道的功法，后果必然是灵息耗尽而亡，问重华为何要如此维护女娲，重华只是说两人理念不一，希望祝融好自为之，说罢力尽而亡。
女娲宫客房，雷太昊正对天葵的变身彷徨无策，突然女娲一闪而入，让三人马上离开。雷太昊还未来得及问什么，祝融闯入。好在祝融到底迟来一步，女娃在抵挡祝融一招后，带三人离开。倏然间四人被女娲的法术带到东海之滨，女娲与天葵都昏迷在地，巫佩兰查看后，说两人必须立刻医治。
决定开启妖冥界通道后，女娲单独和天葵相处，终于承认了天葵是自己女儿，并说出了自己的苦衷，因为自己不希望天葵在这种人与妖两族的漩涡中挣扎，只希望天葵能过上一个普通人的生活，才对将天葵送给了普通的人类，并使用了禁制来控制天葵的妖族灵息，希望天葵不要怨恨自己。
正在万事具备之时，祝融突然出现。原来祝融一直并未干涉雷太昊一行人开启两界通道，就是希望雷太昊召集群妖后，能将妖兽一网打尽。雷太昊集结三大圣兽之力，终于将祝融打败。但祝融一怒变身，雷太昊又完全不是对手，就在此时，紫天葵挺身而出，让巫佩兰将自己身体中蕴藏的灵息转移给雷太昊，这是最后的希望。
一番大战后，祝融最终无功退去，妖兽重回妖冥，最后的结局到底如何，还得看玩家一路选择如何。