财务尽职调查的目标是体现财务客观性、真实性、完整性。
为企业资本运作、投资乃至合作提供必要论证。
财务尽职调查不同于一般的财务审计，它企业的重大举措提供经济支持以及数据支，所以要事先准备一份财务尽职调查目录，其中要包含每一个与本次重大举措有关的数据。财务调查人员对目标企业的详细了解应包括目标企业本部以及所有，并对关联方做适当了解。另外，目前企业的财务管理模式以及财务部财务人员结构、目标企业的会计电算化程度、企业管理系统的应用情况也是需要了解的背景资料企业现行会计政策、近3年会计政策的重大变化、现行会计报表的合并原则及范围；及近3年会计师事务所名单和近3年审计报告的披露情况。企业的税费政策：现行税费种类、税费率、计算基数、收缴部门；税收优惠政策；税收减免/负担；关联交易的税收政策；中管理费、资金占用费的税收政策；税收汇算清缴情况等。
财务报表及其他财务资料审阅这是最基本的程序，也是发现发现关键及重大财务因素方法。历史经营业绩财务状况为准备财务预测进行评估提供相关资料
由于财务尽职调查与一般审计的目的不同，因此财务尽职调查一般不采用函证、实物盘点、数据复算等财务审计方法，而更多使用趋势分析、结构分析等分析工具。比如成本控制好坏要与同行业对比，产量提升甚至要考虑环保成本等。对反映目标企业盈利能力的销售收入及成本进行调查时，调查人员应计算近几年销售收入、销售量、单位售价、单位成本、毛利率的变化趋势，近几年产品结构变化趋势，目标企业大客户的变化及销售收入集中度，关联交易与非关联交易的区别及对利润的影响，成本结构、发现关键成本因素，并就其对成本变化的影响做分析。
财务尽职调查小组成员尽可能来自企业的不同层次人员参与，管理人员、营销人员、行业专家甚至法律人员，其相互沟通交流中有针对性的调查问题，才能查找调查问题，达成调查目的。例如企业提高产能甚至要听取营销人员的市场前景分析。财务尽职调查报告有利于决策者正确决策。
财务尽职调查不是财务审计，不能简单的查找财务问题。
审计的眼光不一定适用于尽职调查，除非只有财政拨款的收支财务。