菌痢病程超过二个月以上者称为慢性菌痢。多由急性菌痢转变而来，以福氏菌感染者居多。有的病程可长达数月或数年，在此期间肠道病变此起彼伏，原有溃疡尚未愈合，新的溃疡又形成。因此新旧病灶同时存在。由于组织的损伤修复反复进行，慢性溃疡边缘不规则，粘膜常过度增生而形成息肉。肠壁各层有慢性炎症细胞浸润和纤维组织增生，乃至疤痕形成，从而使肠壁不规则增厚、变硬、严重的病例可致肠腔狭窄。
慢性细菌性痢疾防治
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抗菌治疗：对于大便培养志贺菌阳性者，需要抗菌治疗。药物同急性菌痢，疗程7d。停药后观察大便培养，隔日1次，2次阴性，抗菌治疗结束，调整肠道功能
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饮食疗法：鼓励正常进食。要求饮食高热量、高蛋白、低乳糖、低渗透压。注意补充维生素A及叶酸。米汤有益于治疗腹泻。用3杯水加半杯糙米煮45分钟，过滤后，每天喝3碗。同时，吃米饭也可帮助粪便成形，并提供维生素B。
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中医中药：本证为脾肾阳虚兼大肠湿热，治则为健脾补肾活血兼清湿热，如疗效明显常见中药：菌痢凉血汤。针刺足三里、天枢。艾炙神阙、长强穴。
注意事项
1
拉肚期间不宜为家人作饭烧菜，应直到症状消除为止。如厕后要记得将手洗干净，以免传染病菌给他人
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补充大量的水分。含有氯化钠、氯化钾和葡萄糖、枸橼酸钠的补液盐是理想的选择，因为它们能补充体内流失的葡萄糖、矿物质，并且调节钾、钠电解质、水分酸碱平衡;而胡萝卜汁、苹果汁、西瓜汁等不仅能补充水分，而且可以补充必需维生素，也是很好的补充品。它们都是防止机体因腹泻而脱水和虚脱的良方。
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切断传播途径搞好“三管一灭”即管好水、粪和饮食以及消灭苍蝇)，养成饭前便后洗后的习惯。对饮食业、儿童机构工作人员定期检查带菌状态。一发现带菌者，应立即予以治疗并调离工作
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