1、在纳税申报页面，选择“综合申报”，如下图所示：
2、根据纳税人是否有跨区申报两种处理： 一、只有一个管理机关的：系统会默认本地申报，直接弹出申报表页面； 二、存在多个管理机关的：系统弹出“本区申报、跨区申报选择”页面，如下图所示，选择好申报类型与对应的管理机关，点击 确定 按钮，进入申报表页面，或者点击 放弃 关闭退出。
在综合纳税申报表中填写申报数据。（填写规则与纸质报表完全相同）。
【填表说明】：1.纳税人名称：系统自动显示，不可修改。2.征收项目：系统自动显示，不可修改。3.征收品目：系统自动显示，不可修改。4.税费所属时期起：系统自动显示，不可修改。（重复申报时可修改为当期）5.税费所属时期止：系统自动显示，不可修改。（重复申报时可修改为当期）6.核定征收额：系统自动显示，不可修改。7.填开发票额：系统自动显示，不可修改。 8.申报计税总额或总数量：纳税人填写。9.允许扣除金额或数量：纳税人填写（按照规定准予扣除的项目）。10.计税金额或计税数量：系统计算后显示，不可修改。计税金额或计税数量 ＝申报计税总额或总数量 － 允许扣除金额或数量11.税率：系统计算后显示，不可修改。12.应缴纳税额：系统计算后显示，不可修改。应缴纳税额 ＝计税金额或计税数量 × 税率13.批准减免税额：系统计算后显示，不可修改。14.已（抵）缴税额：系统计算后显示，不可修改。15.本期应缴税额：系统计算后显示，不可修改。本期应缴税额 ＝应缴纳税额 － 批准减免税额 － 批准抵缴额16.本期申报期限：系统自动显示，不可修改。17.本期缴款期限：系统自动显示，不可修改。18.备注：对于重复申报及逾期申报，给出提示。19.管理机关：显示核定税种的征收管理机关，主要供省直属企业区分申报的管理机关，如例中最后一项营业税显示为：广东省地方税务局直属分局一科，而非本地管理机关。20.本期税费合计：本期税费的总和，计税得出。
申报表相应数据填写完成后，点击 计税 按钮，系统将自动计算税款，计税后页面如下所示。否则，点击 清空 按钮重新填写报表或者点击 放弃 按钮退出申报。
核对数据，确认无误后，点击 提交 按钮，提交申报数据，系统提示申报成功（如下图所示），则申报完成；否则点击 上一步 按钮修改申报数据或者点击 放弃 按钮退出申报。申报成功的显示页面有2种情况，一种是非省直属企业的，另一种是省直属企业的。1）非省直属企业：
2）省直属企业，在一个申报表内申报2个管理机关的税，系统自动将其分成2个申报表，并生成各自的申报流水号分别显示出来，如下图所示，点击 扣款 按钮，可以同时将2笔税款清缴扣除。