基于KEGG数据库中信号通路的上下游关系,构建研究的pathway之间的相互作用关系网络图,结果样式如下图:
方法/步骤
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点:图中每个圆点代表一个pathway的名称。
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颜色:对于两分组(例如实验组和对照组),红色的点为上调差异基因参与的显著性信号通路,蓝色为下调差异基因参与的显著性信号通路,黄色为上调和下调差异基因都参与的显著性信号通路,对于多分组(例如 组1,组2,组3),由于差异基因不分上、下调,所以紫色的点为差异基因参与的显著性信号通路。
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连线:用带箭头的实线表示两个信号通路之间的上下游关系,箭头起始端为上游的信号通路,箭头指向端为下游的信号通路,图中我们可以找到最上游的信号通路和下游的效应信号通路。
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数量:一般显著性信号通路数量建议控制在20-100个左右,数量太少可能会由于信号通路的上下游关系太少连不成网络图,数量太多网络图太大,不便于后续挑选。
注意事项
此解析仅适用于GCBI平台的分析结果,其他平台视实际情况而定,网络图分析结果在GCBI平台上做。
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