事情发生在前作中蛋头博士的计划又一次被索尼克粉碎后，偶然发现了曾祖父杰拉德教授的日记，并发现了究极生命体暗影的存在。蛋头冲进了军队基地并唤醒了暗影，醒来的暗影似乎对世界有着深深地仇恨，他告诉蛋头想要控制整个星球
方法/步骤
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玩家将扮演Hero角色和Dark角色进行两种线路的剧情游戏，在游戏过程中，剧情会不断相互交织，对战，并以这交织的剧情让玩家更加深入地理解故事。
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游戏也承袭前作的人工生命体Chao。进入Chao Garden的方法于有自由冒险舞台的前作不同；本作得在关卡中取得Chao钥匙、过关后自动进入，且往后可以在关卡地图中选择进入Chao Garden。本作的Chao更加丰富多样，三方分歧的种类、技能学习、生活行为、丰富的竞赛等等。同样可载入至VM中，展开属于Chao的小冒险。
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在游戏中，当你选择Dark时，培养一个Dark Chao，并使之不断进化，最后在Chao大厅会出现Dark Garden 同样的道理，当你选择Hero时，培养一个Hero Chao，并使之不断进化，最后在Chao大厅会出现Hero Garden。
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选择Hero时，完成Tails' driving quest（Route101），Hero这边将打开迷你游戏Kart racing；选择Dark时，完成Rouge's chase mission（Route280），Dark这边将打开迷你游戏Kart racing。
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另一方面，由于暗影觉醒时当场击毁了一架防御机器人，政府因暗影和索尼克惊人相似的相貌而追捕索尼克，索尼克当然不甘就这么坐在监狱岛里，在老朋友特尔斯的帮助下脱离了监狱岛，并寻找着阻止幕后黑手蛋头的计划的方法。
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