商业秘密保护的优点 商业秘密最大的特点在于秘密性，不会向社会公众公开，就如我们天天喝的可口可乐，有谁知道可口可乐的配方是什么呢，难怪可口可乐的创始人可以豪言，即使可口可乐在世界的所有工厂都烧毁了，可口可乐第二天就可以东山再起，根源就在于其手里掌握了可口可乐的秘方，该秘方处于绝密，多少年来很多人试图通过研究可口可乐的成分、含量来推导出可口可乐的秘方，都以失败告终。因此，通过商业秘密的方式保护软件代码最大优点就在于，没有时间期限的限制，软件代码的权利人可以自己决定是否开源，是否公开软件代码的具体内容。
商业秘密保护的不足 商业秘密的秘密性就决定了必须采取合理甚至较强的保护措施才能使自己的软件代码不被公开，由于软件代码所有权人并不都具有保密意识，即使有保密意识，也未必拥有像可口可乐对可口可乐秘方进行严密保护的能力，当然并非所有的保密措施都要达到可口可乐配方那样严格的条件，才能认定为对软件代码采取了保密措施进行保密。所以，在一定意义上，软件代码权利人的保密能力在某种程度上决定了他的软件代码能否被获取，以及可能被他人获取的时间长短。因此，用商业秘密的方式对软件代码进行保护，软件代码权利人需要采取适当、合理的保护措施，否则就不能构成商业秘密，出现侵权时就不能以商业秘密的角度进行软件代码的维权。
软件著作权保护的优点 著作权最大的特点在于作品完成就获得了著作权，无需像专利、商标那样还需要有权机关的授权方可取得，在软件著作权方面，不仅一旦将软件代码开发完成后就享有对该软件代码的著作权，而且软件代码权利人可以随时向国家版权局软件代码登记中心申请对有关软件代码进行登记，从而获得软件著作权登记证书，由于软件代码登记中心对软件代码只进行形式审查，并不进行实质审查，权利人要获得软件代码著作权登记证书非常容易。
软件著作权保护的不足 软件著作权与商业秘密最大的区别在于，是否公开以及是否具有时间限制，著作权所保护的作品是对外公开的，任何人都可以很容易获得，且保护时间为50年，自然人著作权人与单位著作权人在保护期限的计算起点上略有不同，但保护期限均为50年，也就是说50年后，任何人都可以不经著作权人的许可，也无需支付费用，就可以直接使用著作权人的作品，软件著作权也不例外。换句话说，如果可口可乐创始人采用著作权的方式对可口可乐的配方进行保护，那么50年后，市场上将出现很多“”，任何人都可以生产可口可乐饮料，而且可以想象，从可口可乐创始人采用著作权方式进行秘方保护不到50年，就会出现很多仿冒的“”，市场上也会出现很多跟原始可口可乐一样口感但生产的饮料。因此采用软件著作权对软件代码进行保护的不足主要在于保护期限受到限制。
商业秘密与软件著作权对软件代码的结合保护 由于商业秘密与软件著作权在软件代码的保护上各有优劣，因此在对软件代码进行保护时，有必要趋利避害，充分利用商业秘密与软件著作权在保护软件代码方面的优势，避免不足而综合保护。一般而言，非常核心、不容易被研发出来、市场更新换代较慢的代码，通过商业秘密的方式保护更有利，从而形成软件商业秘密;对于不是特别核心、很容易反向推导、或者容易被解密、市场上很容易被更换掉的软件代码，通过著作权的方式进行保护，成本更低，也能实现一定时间段的保护，从而形成软件著作权。
究竟是采用商业秘密还是软件著作权的方式对软件代码进行保护，需要根据企业自身的特点、研发能力以及对代码的保护能力进行综合判断，通常而言，通过软件商业秘密与软件著作权的方式综合保护，对企业更有意义。