SMRT cell chip(小拇指指甲盖大小)。一条strip可以放8个SMRT cell,仪器一次可运行2条strip,共16个SMRT cell 文库构建试剂盒,测序试剂盒
一,样品质检1、PCR产物送样标准:(1)未纯化产物:样品目的条带清晰,无杂带,体积小于50μL,,总量应大于1μg;体积大于50μL,总量应大于2μg;(2)纯化产物:若切胶纯化,琼脂糖凝胶的染料不能是溴化乙锭EB,样品目的条带清晰,无杂带,纯化后体积小于50μL,总量应大于300ng。2、DNA送样标准:(1)DNA样本避免反复冻融,避免紫外线、荧光染料等可能损伤DNA的环境或物质,请尽可能提供新制备的DNA,低温运输;(2)DNA溶解在TE buffer或EB buffer中;(3)样品要求无色、透明、不粘稠;(4)凝胶电泳结果:主条带明显无明显降解现象,基因组DNA条带长度≥23kb(特殊种类请标注DNA大小),胶孔无蛋白,无RNA污染;(5)DNA总量要求:真菌、放线菌门、昆虫、植物及海洋生物,单次建库起始DNA总量≥30µg(Qubit),浓度>80ng/μL(Qubit);其他样品,单次建库起始DNA总量≥15µg(Qubit),浓度>40ng/μL(Qubit);(6)根据每个课题设计的建库数量不同,总共所需要的DNA量也不同;3、RNA收样标准(1)样品类型:完整的、DNase处理过后的Total RNA.,RNA提取的过程中避免蛋白污染;(2)样品总量 ≥ 20μg;浓度 ≥300 ng/μL;(3)样品纯度: OD260/280≥1.8,OD260/230 ≥1.8;RNA 28S:18S ≥ 1.4,RIN ≥ 8.0。
二,建库
三,BluePinpin 片段筛选
四,上机测序
五,应用1、全基因组 de novo 测序2、基因组草图的优化及基因组完成图绘制3、全长转录本测序4、宏基因组测序5、16S rDNA 全长6、细胞器基因组测序 7、全基因组重测序&稀有变异鉴定8、表观遗传学