回顾一周目我们打道馆，四天王和冠军，而二周目则以剧情为主，按照流程走，可以抓裂空坐，在这些都完成之后我们还有很多内容需要去完成。 二周目剧情结束，回到家，一觉醒来下楼，父亲上前给主角战斗区域的船票S.S. Ticket，乘船过去，给战斗记录器。
出门之后，博士又来了……
主角上前救他，从他包里选小精灵，这次是金银版和心金银魂版的御三家。
之前去野生原野区Safari Zone，必须同时拥有飞跃自行车和马赫自行车才能去到每一个地方。通关前只能在有需要时前往紫堇市的单车店更换，通关后就可以同时拥有飞跃自行车和马赫自行车啦，方法是： 先在111号道路的沙漠区骑马赫自行车冲上平台和以为灵异狂对话。
在119号道路天气研究所右边瀑布上去，用飞跃自行车跳上一块平台，和上面的一位饲鸟使者对话。
在对战名胜区海边的一角和一个骑自行车的人对话。
最后回到紫堇市的单车店，老板说因为主角骑着他的自行车到处跑，导致最近生意特别好，所以让主角同时拥有飞跃自行车和马赫自行车。
为了抓之前被我打死的代欧奇希斯，我又去打了一遍四天王和冠军，二周目之后四天王和冠军的PM阵容及等级都提高了很多。 赢了之后大吾会给你巨金怪石 回到家妈妈又送你拉帝亚斯石（拉迪亚斯在哪呢……逼我又去买了个蓝宝石……）
出门之后，博士又来了又来了……
恩，这次是被怪力……
去翻博士的包，这次是黑白和黑白2的御三家给你选，我最爱的暖暖猪水水獭和藤藤蛇呀~
前往对战名胜区，第一次去需要在凯那市或水静市乘船，过去。下船之后，Wally会上前迎接。
随后水舰队成员们出现，讲了一番话并送主角巨牙鲨石后离开。
在对战名胜区可以找那里的人对战，打赢了隔天再来还可以打，练级用。和XY相同，在对战名胜区里面有一座对战宅第，可以进行各种类型的对战。在对战名胜区的西边沙滩上，可以用BP学习到各式不同的教学技能。 练好级再去挑战四天王，这次等级和之前的第二次挑战一样。 结束后回到家，妈妈会送你Amulet coin护身金币。携带护身金币的小精灵参加对战，对战结束后获得的金钱加倍，赚钱好工具！
出门之后，博士又来了……博士你够了啊~~~
这次更离谱，他被他老婆追！
这次是钻石珍珠的御三家，我最爱的圆企鹅嫩苗龟呀，当时就闷了，莫非让我用小精灵打他老婆！？
随后去对战名胜区刷BP，练级抓神兽，再去打四天王，这次冠军大吾开始用全回复药了