当普若非苏醒过来时正身处废墟之中，下方有一具CELL士兵的尸体，从铁架后抽出双腿后，捡起带有手电的NOVA手枪，纳米服的核心系统断线，需要重新启动，呼叫塞可一时也没有回音，前进了一段后受Ceph集体意识的影响又开始产生幻觉，在废墟狭窄的巷道里走了没多远就掉进了下面的水里，然后再次钻入山洞，穿过一个小瀑布，后面的山洞里到处是燃烧的木架，再穿行过很长一段的隧道后来到外面的峡谷里，光柱充能达到52%。
在第三个心灵控制装置充能后，用迫击炮在数秒内就能击杀重型步兵和Pinger。前进不久再次看到Ceph的飞船，破坏冷却装置后跑到船头，水中升起另一艘战舰，跳到平台上后，就能看到不远处的Alpha-Ceph，它正给光柱充能，和它遭遇不久，纳米服的外部能源就耗尽了，击毁Alpha-Ceph的一个武器端后，它把普若非吸到身边， 但普若非释放出了红色的能量，将其击退，然后拿着台风步枪、高斯枪等装备击退一些Ceph步兵的进攻，一些固定机枪塔可以被遥控，靠近能源箱后还能使纳米服继续获得外部能量，之后接连两次被Alpha-Ceph吸到身边，均用红色能量击退，当Alpha-Ceph继续尝试用集体意识同化普若非时，塞可驾驶着VTOL及时赶到，打断了同化过程，但VTOL也被Alpha-Ceph击落，普若非用复合弓射出了致命的一箭，Alpha-Ceph和其他敌兵阵亡，光柱把周围的一切往中间吸，普若非为塞可打开VTOL的舱门后被卷入了光柱，和其他东西一起卷到了太空。
普若非在照镜子时发现他的纳米服已经融入身体，变成了皮肤，眼睛也变成了蓝色，桌上放着队友的狗牌和合影，走出小屋时，他想起新兵训练营时第一周教官说的话，当纳米服损坏以后，真正可以仰赖的并非准确的情报，也非精良的装备，更不是顶级的武器，而是他自己。 直到这次战争结束，他才真正意识到了这一点，然后他把狗牌扔到了海里，然后隐身离开，临走时还不忘来一句“They called me Prophet.Remember me.”，和孤岛危机2的结尾遥相呼应，而从周围的环境和地形来看，这里应该是孤岛危机1第一关太阳初升时看到的那个小屋，似乎又意味着一切重回到最初，人类重新开始新生活。