现代战争3》的故事紧接其第二部。Price、Soap和Nikolai来到了印度的达兰萨拉（Dharamsala）休整。在那里，他们又遇到了马卡洛夫派来的伏击队，于是又开始了逃亡。在此玩家将扮演Nikolai的朋友Yuri。随后，故事来到了纽约。俄军正沿着哈德逊河向这座大苹果城展开攻击。玩家将扮演三角洲部队成员Frost，在Sandman的指挥下 摧毁纽约证交所楼顶的干扰塔。玩家将乘坐黑鹰直升机前往这一地点。游戏的第一关叫做“黑色星期二”。 画面一转，六个月过去了。此时玩家将扮演俄罗斯 专机上的保卫人员。俄罗斯 正要去和美国签订合约。不过，马卡洛夫的人劫持了俄罗斯 。这之后，我们又见到了Soap和Price。这一次他们正与南美的一家 商会晤。原来，马卡洛夫对化学武器产生了兴趣。随后，画面跳到了欧洲。玩家此时将扮演英国SAS战士，前往伦敦港组织大规模杀伤性武器的扩散。在伦敦的地铁站将发生追逐战，地铁隧道发生爆炸，英国议会门前的一辆卡车也发生爆炸，释放出了致命病毒。欧洲的大部分城市都将受到影响，于此同时俄罗斯人也展开了进攻END
第二章： 第五关 一开始看见肥皂和普莱斯坐下下隧道的地下 然后跳进了水里，我们也跟着跳进去
跟着肥皂和普莱斯穿越水沟 来到中间的时候别走，等敌军走开后在走
然后进入前面的下水道，跟其他的队友会合 一番对话后跟着肥皂走
跟肥皂来到外面的时候看见了很多的敌军 按ctrl趴下
等一些敌军走开后留下一个人和一只狗 按3换成红点瞄准镜，把楼顶上的2个人全部杀死
然后肥皂会把下面的狗和人杀掉 然后继续跟随肥皂 来到一墙角，看见前面卡车有2个人 随便狙击掉一个 肥皂会解决另一个
然后跟肥皂来到一个服装店的门口 等一会跟肥皂一起进去 按ctrl趴下来，不要开枪
来到前面的窗子，狗叫了，不用管它 趴在那里不要动 一会就走了
之后来到后门，有2名士兵进来了，不用管它 跟着肥皂出去。 等肥皂爬上围栏后你在爬
一跳下去一敌军就来了 肥皂熟练的干掉了对方 跟着肥皂蹲下等待 普莱斯跟其他的队友干掉了楼顶上望风的人 然后楼顶出现了一排队友 开始突袭！！拿起地下的枪对敌军扫射
杀光附近的敌人后跟随肥皂来打另一个地方
前方有个坦克 拿上RPG轰掉坦克
之后跟随肥皂进入聚集地
聚集地里面有很多的枪可供选择 跟肥皂出去后把对面楼上打机枪的敌军杀掉
然后往前走到目的地
走到一半一辆坦克杀了过来 躲一下... 肥皂将博物馆的玻璃打碎了 跳进去
走到入口的时候敌军进来了 按Q丢个闪光弹，然后杀掉他们
然后跟着肥皂出去，来到一路口，按ctrl趴下 等待敌军过去
之后进入一个教堂。