在一般情况下，水变褐色至少有如下3 个可能原因。为滋生了金藻。在低温低盐度和高温高盐度时，若光线较弱，有可能感染金藁(如毛金藻)，水变为棕褐色。此时棕褐色就说明对鱼已有毒害作用。消灭金藻也用硫酸铜，具体办法同于藻类性混浊的处理办法。
一为滋生了褐藻。缸的光线不是很强，但却也不算很微弱，缸壁、缸底、器具上长满一种硅藻门的褐色藻体，即褐藻。褐藻越长越浓，但并不改变缸水的颜色，起初对值也没有害处，相反却有增色、稳定水质、使鱼健壮而不易得病等作用，因此并非坏事。但时间久了(2-3 个月)，揭藻因故大量死亡，一般底层先死去，对水、鱼搅动或充气过滤产生了不强的动水，都有可能使死亡藥体脱离缸壁、器具表面，飘浮于水中。
只有对水才能减少其褐色的浓度。不过就在此时，尤其是缸水还是浅褐色时，新一代褐藻又“着床了”，它们附生在原褐藻剥离处，没儿天全缸壁又是褐色一片，而水却已悄然澄清。所以遇到褐藻成片剥离，不是一点都不透明，水褐色如茶并不可怕。
若没空处理，大可不必马上去理会，过数天便没事但如果觉得有碍观赏，应该采取措施，洗洗缸壁，让缸水静20~30 分钟后抽去底部沉淀，一般会随着对水量的增加，透明度也增加，3~4 次对水后定有所改观。生物方法是放养青苔鼠鱼、小精灵鱼之类。此外，还应增加鱼缸光线。
为产生了硝基化合物。缸中过滤系统完善，缸中不但氨和亚硝酸盐含量极低，就连它们转化生成的硝酸盐也低。极有可能是缸中存在非富氧小环境，厌氧菌把硝酸盐作为能源来分解，缸中的硝酸盐含量是低了，但产生了硝基化合物等，多数情况下它们颜色为橙黄到深褐色，也有可能因沉木与植物体死后单宁被溶出，这就染褐了缸水。所以有人说老水是带褐色的，看来有道理。因为确有些老水颜色较深。耍想消除此种缸水的褐色，方法最为简单一一多对两次水，准能解决问题，且没有可逆性(不如褐藻发展快)。