（一）商业秘密案件审理难度大，审理周期相对较长 虽然商业秘密案件总体数量不多，但是审理难度较大、周期较长，这是受理商业秘密案件法院的普遍反映。造成这种情况的原因在于：1．商业秘密案件首先有一个确权过程，即确定原告主张的商业秘密内容，并判断其是否具备法定构成要件，该项工作涉及繁重复杂的技术事实认定，其中包括大量的容易遭受被告抵触情绪的证据保全和调查取证工作；2.商业秘密案件审理中的疑难问题较多。相对于其他类型知识产权案件，商业秘密案件的审理中存在很多疑难且争议较大的法律适用问题。现行有关商业秘密的立法比较原则，相关司法解释在一定程度上解决了部分操作难题，但因案件千差万别，法院在适用法律中面临不少疑难且有争议的问题。如，秘密点的查明、不为公众所知悉的证明责任、相关联的刑事案件中的证据在民事案件诉讼程序中的采纳、刑事案件中的损失认定等问题。3．商业秘密的保护需要平衡商业秘密权利人的利益与对跳槽职工的劳动权和择业自由权的保护，以及维护自由竞争的社会秩序；4.当事人通过诉讼程序保护商业秘密的能力有限，经常会因为证据的补强、当事人申请鉴定、多次开庭、鉴定时间等因素，导致审理期限较长。
（二）在损害赔偿数额的确定方面，适用法定赔偿者居多 这是知识产权侵权案件的共性，商业秘密侵权案件也不例外。在商业秘密侵权案件审判工作中，存在这样的情况：侵权人使用权利人的商业秘密生产出了产品，但尚未销售；侵权期间，权利人的相应销售收入并没有下降，而侵权人又以没有账册为由不提供相关证据致使无法查明其获利等。上述情况致使法院无法确定权利人的实际损失或者侵权人的获利，故在审判实践中往往适用法定赔偿确定侵权人应承担的损害赔偿数额。
（三）法院对于商业秘密的保护发挥着重要作用 商业秘密与专利、商标等权利不同，专利和商标在纠纷发生前均有一个统一的机构负责审查批准或者注册，而权利人诉请保护的信息是否属于商业秘密，需要各个法院在每一个具体案件中分别认定；此外，商业秘密的保护，不仅法律制度本身复杂难懂，而且不同时期、不同地区有不同的政策。商业秘密案件中的很多疑难问题由于人们对相关法律和政策的理解不同而难以把握，因此，法院的裁判对于商业秘密的保护发挥着重要作用，主要体现在法院根据法律规定和法理等对商业秘密保护规则的确立和发展上。①这是世界各国的普遍表现。美国的《侵权行为法第一次重述》和《反不正当竞争法重述》作为商业秘密的重要法律文献，本身就是对商业秘密判例中的裁判规则的梳理和总结，《统一商业秘密法》作为重要的商业秘密示范法，也是建立在判例法的基础上的。