从理论上而言，英语字母和拼音隶属于两个完全不同的语言系统。根据专家分析得出，人脑中语言学习实际上分成了两个区域：布鲁卡区（前区）和威尔尼克区（后区）。这两个区域各司其职：布鲁尔区与运动区紧密相连，控制以像中文这样的表意的语言，记忆靠“运动”多看、多写、多说；威尔尼克区与听力区紧密相连，控制像英、德等表音的语言，记忆主要靠多听多说。正因为中文与英语所处的语言区域不同，只要做出正确的引导，孩子们都是能够避免拼音与英文混淆的现象的。
从实际应用方面而言，无论是汉语拼音，还是英语字母，它们都不是完全孤立地存在与出现，而是出现在汉语、英语两种语言环境中。当某一环境出现时，孩子首先受到这种环境的影响，自觉不自觉地把拼音或字母放在这个大环境中，进而加以区别，而不至于混淆。就好像同样的阿拉拍数字，在数学课上读作1，2，3(yi er san)，在音乐课上，就要读作1，2，3(do re mi)，英语课上又要读作1，2，3(one two three), 数学教师不会对学生说1(do)+2(re)=3(mi), 音乐老师也不会指着五线谱让学生唱1，2，3(yi er san)。
那么，作为老师和家长，我们应该如何来避免孩子出现这样的混淆呢？ 作为老师，在孩子学习英语的初期注意观察，注意倾听，有耐心地帮孩子解决难题。对于刚刚开始接触的英语的孩子，我们可以将重点放在孩子的听说训练，主要从培养孩子的兴趣和顾及孩子的接受能力入手。在纯英文教学时，老师会通过肢体动作，歌曲或图画等多样化的形式让孩子牢记字母发音，来定格这是英文字母而不是汉语拼音。
作为家长，需多鼓励孩子，不要把自己对此事的担忧强加给孩子。家长应该了解，有时候孩子出现错误，不是因为不懂，而是熟练度不够。例如：当他们看到英文字母”A”时，想不起它的发音，就临时用汉语拼音“啊”来救急。
根据第二语言习得理论，越早让儿童接触双语，或者是多语，儿童大脑的语言学习区域就会越早接受不同语言刺激，而独立发展起来。母语和第二语言的学习是相辅相成的，而不是对立的。因此，儿童学习第二语言的最佳时间是3-12周岁。