1.1991年，九头蛇秘密基地中，冬日战士巴基被从冷冻中释放，通过了几个特殊的单词开启了他的行动，他被赋予一项神秘的任务--刺杀钢铁侠的父母，抢走了他们携带的超级士兵血清。时间回到现在，拉各斯。传染病研究所被一辆重型卡车冲撞袭击，正在跟踪他们的复仇者联盟和他们展开了战斗。
2.歹徒抢走了研究所的生化试剂，并一时间击退复仇者联盟并准备逃走，在市集内再次被黑寡妇拦住，歹徒以生化试剂相要挟让其放下武器。而被美国队长拦住的叉骨（不了解此人的请看美队2）告诉他巴基已经被重新洗脑，然后自爆想和美国队长同归于尽，但是被赶来的绯红女巫旺达用念力控制住爆炸，并将其甩向空中，但是爆炸还是波及了旁边大楼里的很多民众造成了伤亡。旺达也为此悔恨不及。
3.事后，社会舆论也开始了对复仇者联盟开始抨击，尤其是旺达，承受了极大的压力，美国队长安慰她说如果我们做事畏首畏尾那就什么都做不了了，就在这时，幻视前来通知他们开会。国务卿和复仇者联盟所有队员开会，历数了过去这四年他们在执行任务中造成的意外伤亡事件，要求他们接受联合国的监管，并签署索科威亚协议。令人意外的是，钢铁侠接受了协议要求，但是美国队长却坚决不同意签署协议，联盟内部开始产生了分歧。一个叫做泽莫的人找到了1991年参加了解冻巴基的九头蛇军官，在他那里抢到了记录着激活巴基密码的手册，并杀害了军官。
4.联盟中的成员还在为着是否接受协议争论着，钢铁侠播放了之前由于他的行动造成了一个年轻有为的男孩的死亡，他深深的悔恨着当时的行动，这也是他想要接受协议的理由之一。一番争论后，黑寡妇，幻视，战争机器和钢铁侠是赞同签署协议的一方，而猎鹰，旺达，美国队长则是反对的一方，这时，队长忽然接到了卡特离世的短信，匆匆离开了。葬礼上，卡特的侄女莎朗发表的悼词更加坚定了队长要保证复仇者联盟的独立性的信心。索科威亚协议的签署仪式在维也纳如期举行，没想到当场发生了爆炸袭击，瓦坎纳国王当场被炸死，他的儿子提恰拉竭尽全力也没能救到自己的父亲。
5.电视上播出了检测到会场外面之前就臭名昭著的冬兵巴基的身影，这让所有矛头都指向了巴基，美国队长也为自己的昔日好友不禁忧心忡忡，他准备亲自去找到巴基问个明白。但这是提恰拉已经决定要自己找到巴基，为父报仇了。与此同时，泽莫也在酒店中看着电视，同时在学习着密码手册中的俄语词语，准备着去激活巴基。就在这时，巴基在布加勒斯特的家中遭到了军队的袭击，美国队长也赶到了他是想要问个清楚，看到军队来袭也选择先帮助巴基逃走。
6.而就在巴基刚刚逃离大楼的时候，横空出现了一位全身黑衣的人，身手敏捷，刀枪不入，打得巴基节节败退。随后猎鹰和美国队长也加入了和军方的追逐战斗。最终还是被战争机器将他们一举擒获，原来神秘黑衣人正是提恰拉，代号黑豹。这时在总部的旺达也受到了幻视的监控，不允许她自由行动这也让犹豫不决的旺达决定加入美国队长的阵营。
7.巴基被严密的关押起来，同时美国队长和猎鹰的武器也被政府暂时没收了。在审问巴基的过程中，泽莫设计在监狱附近引爆了EMP炸弹，造成了电力和通讯的瘫痪，随即他潜入了监狱找到巴基。泽莫开始读出那些能够启动冬兵巴基残暴基因的词语，使得巴基瞬间暴走，大闹联盟总部，钢铁侠也没能阻止住他。
8.就在巴基即将驾驶飞机离开大楼的时候，美国队长用强壮的手臂硬生生将直升机拽落下来，两人一起跌入楼下的水池中。随后，队长和猎鹰将巴基制服，待他冷静下来之后，巴基说出了冬兵并不止他一个的隐情，并说另外的冬兵还冷冻在西伯利亚九头蛇的秘密基地中。还回忆起了当时奉命杀死了钢铁侠父母的事情，包括用超级士兵基因制造的冬兵们意外暴动之后被雪藏等等事情。国务卿决定让钢铁侠他们不惜以武力来抓住巴基和美国队长他们，钢铁侠就去找到了当时还是少年的蜘蛛侠。
9.已经宣布退休的鹰眼受队长直托来到了联盟总部找旺达，被幻视阻拦，一番打斗之后，旺达制服了幻视，和鹰眼离开了。而黑寡妇则找了黑豹来作为帮手，双方的大战已经一触即发了。同时莎朗也偷偷将队长和猎鹰的武器偷出还给了他们，两人压抑的情愫也终于不能自制，吻在了一起。鹰眼还带来了崭露头角的蚁人，作为他们的生力军补充。