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植物miRNA靶基因预测方法2

植物miRNA靶基因预测是植物学门类生物信息学分析的一个热点,今天介绍第二个在线预测工具,PMTED。
工具/原料

电脑(联网)

方法/步骤
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在标题栏里面有一个Basic Information,里面有四种方法,分别是通过miRNA、实验、靶基因和靶预测。

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点击靶预测之后,界面如下,是不是似曾相识呢?对了,和psRNATarget: A Plant Small RNA Target Analysis Server的是不是有点类似?

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在文本框内输入要预测的miRNA序列,方法与psRNATarget: A Plant Small RNA Target Analysis Server类似,点击Predict即可。不再赘述。

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如果这样预测的速度慢的话,可以点击Basic Information中的Via miRNA。在这个界面里,我们看到的是拟南芥的miRNA、序列和靶基因数目。

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如果我们需要查找其他物种的miRNA及其靶基因,我们可以点击Organism的下拉箭头,会出现多种物种名称,我们以玉米为例说明。

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选择玉米之后,出现如下界面。查找自己要找的miRNA,点击后面标注的靶基因数目。

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是不是找到我们想要找的东西了????

注意事项

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