微藻的营养成份丰富而且全面，是水产养殖动物苗种的初级食物。对40多种常见饵料微藻的成份含量分析表明：蛋白20-40％、脂肪酸10-20％、碳水化合物5-12％。微藻蛋白质质量较高，尤其是必需氨基酸的含量与鱼粉相当甚至更优，如天冬氨酸和谷氨酸可高达7.1-12.9%，半胱氨酸、蛋氨酸、色氨酸和组氨酸的含量在0.4-3.2%之间，其他氨基酸含量在3.2-13.5%之间。多不饱和脂肪酸（PUFA）是水产动物幼体发育所必需的营养，而微藻是PUFA的原初生产者。
许多微藻，尤其是硅藻和金藻中，含有丰富的二十碳五烯酸（EPA）、二十二碳六烯酸（DHA）和花生四烯酸（ARA）。例如，角毛藻中EPA含量可达到总脂肪酸含量的20-25％，骨条藻中EPA含量也超过20％；等鞭金藻中DHA的含量可达到总脂肪酸含量的10％以上，巴夫藻中同时含有丰富的EPA（>15%）和DHA(10%)，微拟球藻和部分硅藻中的的ARA含量最高可达4％。
微藻中还含有丰富的维生素，如VA、VC、VD2、VD3、VE、VK、VB族（B1、B2、B3、B5、B6、B12）、生物素、β-胡萝卜素和叶酸等，种类齐全且含量丰富，与部分人类食品中的含量和鱼类饲料推荐值相当。微藻中还含有多种结构特殊的微藻甾醇，已经发现并确认的有10多种，如角毛藻中富含岩藻甾醇，骨条藻、海链藻和扁藻中富含菜油甾醇和24-亚甲基胆固醇，红胞藻和球等鞭金藻中富含菜子甾醇，巴夫藻中含有豆甾醇和β-谷甾醇。甾醇是动物细胞膜的重要组成部分，能起到调节动物体内激素水平，抑制胆固醇吸收，促进胆固醇异化等重要生理学作用。
微藻中丰富而均衡的营养成分（蛋白、脂肪酸、碳水化合物）和各种生物活性物质（PUFA、维生素、甾醇），可满足水产养殖动物在幼苗期的正常生长发育的营养需求。已有众多研究和应用证明，在对虾（日本对虾、凡纳滨对虾、中国对虾、南方滨对虾等）、贝类（牡蛎、扇贝、鲍鱼）、海参等育苗中，合理利用饵料微藻具有提高育苗存活率、保证幼苗正常变态和发育、提高生长速度及体长和体重等各项性状指标、提高免疫力等综合作用。通常使用混合微藻比单一微藻效果更好，例如海参育苗用藻类有角毛藻、红胞藻、巴夫藻、等鞭金藻等，使用密度：1.5-4万细胞/ml；鱼类育苗中的使用品种和剂量。
除了作为直接开口饵料外，微藻另一个重要功能是用于饲喂轮虫、卤虫卵、桡足类、枝角类等次级饵料，能够明显强化次级饵料生物体内所含PUFA和各种维生素的含量，进而满足水产动物幼体对优质次级饵料的需求。