商业模式本身并不能申请专利，各国都是如此。目前所谓的商业模式专利，实际上是指利用IT技术进行的商业行为，因为牵涉到一些信息处理过程，具有比较强的技术性，可以考虑把实现某个交易过程的技术内容抽取出来，在实质上达到对互联网商业模式的保护。典型的如亚马逊的“一次点击”专利，著名的电子商务网站亚马逊拥有的这项被称为“1-click”的专利技术允许用户仅通过一次点击便完成整个购买过程。当亚马逊发现另一家网站也在采用相似技术时，将对方告上了法庭。这种专利因为其具有商业模式的背景，在授权上往往受到特别的关注，审查员要判断专利内容是否属于纯粹的商业模式，如果是，则不能授权。美国早期对于商业模式专利的概念界定较为宽泛，批准了大量商业模式专利。早在2002年，美国花旗银行在中国申请多项商业方法专利，曾引发金融界的抗议和轰动。因为其所申请的专利，当时已被国内许多银行广泛运用，一旦获得通过，中国商业银行使用金融商业方法的范围将受到极大限制，并随时面临侵权风险，如果付费使用，也将成为商业银行发展的沉重负担。目前，美国也有严格化的趋势，因为这种专利有限制竞争的可能性。美国以前把握的比较松，但大家不要误以为在美国可以申请商业模式的专利。
对商业模式的保护，涉及金融、保险、证券、租赁、拍卖、投资、营销、广告、经营管理等领域的任何商业模式创新，只要商业模式能够与技术特征结合，产生有益效果，比如这些新商业模式市场运行效果好、用户体验佳，提升了资源配置和流动效率，节约了社会成本，增进了社会福利，都可以纳入专利保护范畴。一个商业模式，如果能够很好融入专利保护，创业过程中就不再担心别人对商业模式的抄袭。
《指南》的修改将使得一批互联网行业内具有较好市场效果、较新商业模式的创新型企业，能够更好地保护其知识产权。像以往的“千团大战”（2010年中国第一家团购网站上线后，短短一年间市场涌入超过5000家同类网站，被称为“千团大战”。由于商业模式几乎相同且单一，门槛不高，行业恶性竞争和洗牌迅速出现，至2014年媒体统计其存活率仅3.5％）等一窝蜂跟风创业行为，或将得到有力遏制。商业模式专利虽然表面上与其他方法专利一样，但在服务业影响力很大。而随着互联网的发展，商业模式成为企业成败关键。商业模式专利的独占性很强，一个商业模式因构成技术方案而获得专利后，排除了其他同领域从业者直接使用这一模式的可能。而对于许多成熟和优秀的商业模式，要绕开侵权可能性非常困难，很难不落入其保护范围。以顾泰来所持有的“无固定取还点的自行车租赁运营系统及其方法”专利为例，商业模式专利更保护功能，所以只要求搭载可以返回信号的终端，而不对如何返回做限制，因此用WIFI、蓝牙、GMS等方式均可能构成专利侵权。也就是说，这一商业模式专利的权利要求范围较广，属于基础专利，可能对市场上其他共享单车竞争对手造成严格制约。