替代审计程序仅在往来账项的审计中运用 日常审计实务中，由于注册会计师仅在对往来账项的审计中运用替代审计的程序比较频繁，其他审计程序运用替代审计的很少。从而使一些注册会计师误认为替代审计程序仅是对往来账项审计的替代，即将替代审计程序狭义地理解为仅是对函证程序的替代，而不知在其他审计程序无法实现审计目标时也存在替代审计程序，对函证的替代审计程序仅是替代中的一个方面。
对往来账项的一般性抽证就是替代审计程序 一些注册会计师对如何实施往来款项的替代审计程序不了解或不熟练，实施的替代审计程序不完整、不规范，在审计时，往往不能针对具体的往来款项实施专门的抽证测试，而是对每一类往来款项随便抽证，如审计应收账款时，仅是在各个应收账款明细账户中随便抽查几笔会计分录，或者即使是在同一账户中抽证，却没有章法，没有目标，抽证量极少，属于不具有针对性和系统性的“一般性抽证”，从而不能证明每一具体应收账款户的完整性、真实性和正确性。 另外，由于在许多情形下，到全部审计工作即将结束可能仍未收到回函，事实上，相当多的询证函根本不会收到回函，这就对函证程序的正常和有效实施形成了障碍和影响。所以，在未能发函、已发函但未收到回函或回函不满意的情况下，一些注册会计师常常采取上述“一般性抽证”的方法来实施“替代”函证程序，表面看实施了替代审计程序，实际上仅是“一般性的抽证”，有的甚至就是简单的抄录会计凭证，根本没有履行规范的抽证测试程序，这些都是违反执业规范的做法。
为节省函证时间采用消极式的询证函 一些注册会计师针对回函率低的特点，一律采用消极式的询证函，只要被函证单位没有回函，就确认被审计单位有关会计往来账的数据。他们认为，这样不但节省了函证时间，而且还“回避”了收不到回函的尴尬。事实上，由于信函（发函和回函）有时不一定能够准确投寄，或被函证单位根本就没有认真核对，或即使在账面数据不相符的情况下被函证对方也可能不回函，所以，没有回函不一定表示与对方的账簿记录核对一致。因此，这种一律采用消极式的函证方式，实际上是一些注册会计师不负责任的做法。
复印往来明细账户简单抄录几笔凭证 一些注册会计师喜欢复印有关往来账户的明细账页，凡是选定作为检查样本的往来账户，将其账页全部复印，再根据账页上记录的凭证号码和经济内容随便抄录几笔会计凭证，然后在固定格式工作底稿中“查见栏”或“核对栏”的空格上打勾，表示已经履行了“查见”或“核对”程序，最后在审计结论中写上“余额可以确认”，认为这就是对往来账项实施的替代审计程序。从日常监管检查所掌握的情况得知，相当多的审计人员实际上根本就没有真正履行“查见”或“核对”程序，仅是抄录了一些会计分录，是典型的形式主义。
对债权账面的余额认定不考虑可收回性 一些注册会计师认为，债权是否能正常收回是被审计单位的责任，审计只是负责确认账面数据的正确性，所以，许多注册会计师在审计被审计单位的债权账项时，根本不考虑被审计债权的可收回性，往往仅凭回函证明或替代审计的结果就作出余额可以确认的审计结论，对一些有明确线索证明已经形成潜亏的债权不仅不调整会计报表，而且也不在会计报表附注中披露。
对债务不进行函证 一些注册会计师认为，债务类账户余额不需要函证，一些被审计单位也反对对其债务进行函证，实际上这些都是错误的认识。笔者认为，对债务是否需要函证的问题应该区别对待，即一般情况下对债务不需要函证，但是，如果被审计单位控制风险较高，债务金额较大或被审计单位处于财务困难阶段，则应该对应付账款和预收账款中的重大项目进行函证。
余额大的往来账项才是重要的 许多注册会计师在选择和判断往来账项的重大项目时往往有这样的误解，即认为余额大的才是重要的，余额小或为零的就不是重大项目，这实际上是错误的认识。因为往往一些账户的年末余额虽然很小甚至为零，但平时的发生额可能非常大，这些账户同样也是被审计单位的主要往来账户。注册会计师在审计中要注意正确选择和判断往来账户的重大项目，对年末余额虽为零或很小、但发生额非常大的重要往来账户必须进行函证。