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如何可以更全面地了解10x单细胞ATAC-seq?

ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing),即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。从定义可以看出该技术的研究目标是染色质的可进入性。我们都知道DNA链很长,要压缩在很小的细胞核中,必须形成紧密的高级结构。但连接过于致密的话,调控蛋白就无法进入染色质启动基因的转录。所以要启动基因的转录,就需要打开染色质的高级结构,游离出部分DNA使调控蛋白(比如转录因子和转录元件)与之相结合,这种特性就叫做染色质的可进入性(chromatin accessibility)。据此,我们可以知道染色质开放区域主要研究的是转录因子的结合及其对基因表达的调控。
方法/步骤
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10x单细胞ATAC-seq实验流程首先,将转座酶加入制备好的单细胞核悬液进行反应。随后,利用8通道的微流体双十字交叉系统将含Barcode的Gel Beads、细胞核和酶的混合物、油三者结合形成GEMs。在GEMs中,凝胶珠溶解释放大量barcode序列,DNA延伸带上barcode序列,并进行线性扩增。最后,进行illumina的文库构建。

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