种子的采集与贮藏银杏树为雌雄异株，种用银杏最好选择与雄树较邻近雌树上的果实作种子。这样种子授粉充分、胚发育良好、发芽率可达80％以上。 将收集到的充分成熟的果实，堆沤后熟，搓洗脱皮，得到洁净的种子。将备用种子与洁净、潮湿的河沙混合，贮藏在阴凉处。
苗圃地的准备选择背风向阳、地势平缓，沙质壤土、肥力中上等、排灌水方便的地块作苗圃地。播种前两个月预整地：每亩均匀撒施腐熟的厩肥约3吨、5千克硫酸亚铁、3千克辛硫磷后深翻40厘米，使肥料和药物均匀埋入土中，然后将苗圃地作成宽1米的苗床。干旱地作成平床，低洼或多雨区域作成高约10厘米高床。
播种潮湿河沙贮藏的银杏种子，40天左右就有部分开口露出胚根，此时即可进行播种。先将开口露白部分拣出集中播种。 一般按照30厘米×20厘米的株行距进行条沟播种。种子整齐摆放于播种沟内，然后覆盖2～3厘米细土。覆土后在墒面铺一层草，浇透水再盖地膜或设塑料棚，土温上升后幼苗逐渐出土，此时要分期撤去地膜或塑料棚。
遮荫： 幼苗出土后搭建遮荫棚给苗墒适当遮阴，防止幼苗被强阳光灼伤。遮荫物可采用低密度遮阳网或杂草、带叶的树枝。幼苗具有6—10片真叶后可逐步揭去遮荫物。
追肥：当银杏幼苗达到2-4片真叶时即可开始追肥。第1次追肥可使用清淡的人畜粪水浇施。间隔20天后追施含氮、磷、钾的三元复合肥，每株5-15克，每20—30天追一次，连追3次。追施复合肥时在幼苗行间开挖5—8厘米的施肥小沟，均匀撒入肥料。这样一年生实生苗苗高可达50厘米以上，地茎可达0.8厘米以上，当年即可部分嫁接。
防治地下害虫：银杏幼苗期地下害虫以蛴螬（即土蚕）、地老虎（即黑虫）最为常见，为害根系，造成植株死亡，应及早防治。防治方法：在幼苗期每次追肥时将杀虫剂（如高丙体、呋喃丹等）与复合肥一并施入，效果较佳。
幼苗生长期，应及时清除杂草，确保苗木健康生长。