一、询问被害人，收集被害人对涉案信息采取了合理保密措施的证据以及涉密信息具有价值性的证据。 侦查机关在接到报案或是发现案情后，首先向被害人了解案件基本情况，掌握被侵犯的商业秘密的大致情况，要求被害人提供相关资料，以明确该案的涉案信息。 其次，收集犯罪嫌疑人的基本信息以及与被害人的关系方面的资料。此外，侦查机关还会收集被害人对涉案信息采取了合理保密措施的证据，包括被害人对涉密信息在内的信息采取的保密管理制度，可以是保密协议、保密管理制度条例及其执行记录、对涉密信息的具体保密措施等。涉密信息具有价值性的证据通常为被害人掌握，侦查机关应收集涉案信息给被害人带来经济利益、具有实用性的证明材料，例如涉案信息转让合同、涉案信息用于盈利产品生产的证明材料等。
三、勘验检查犯罪现场，收集和固定书证、物证和电子证据 商业秘密本身作为一种无形的信息，其必须借助一定的载体而存在。侵犯商业秘密的行为，大多对信息载体实施，例如将保险柜撬开、将涉密信息的文件窃走、对信息进行拍照复制、将商业秘密信息通过电子邮件发送出去或者拷入电脑等。这些行为一般都会留下犯罪痕迹，同时有些证据对于证明商业秘密构成要件有重要的意义。 例如，标有保密标志的文件被拆封，文件上留存的犯罪嫌疑人的指纹，涉密信息的密码程序被破解，计算机日志文件记录下来的破解过程记录等。这些被破坏的保密措施一方面表明犯罪人实施了犯罪行为，离扬另一方面还可以证明权利人为保守其商业秘密已经采取了一定保密措施，籍以证明涉案信息符合商业秘密的管理性特征。 侦查机关除了收集传统的书证、物证，做好犯罪现场的勘验检查记录外，还应利用计算机、网络技术侵犯商业秘密犯罪的证据收集，扣押可能存储了涉案信息复制件的光盘、硬盘，对犯罪嫌疑人在作案期间的牺联改电子邮件等计算机通信工具应进行检查，收集相关通信记录和发送接受的涉案信息，如果发现有涉案信息的，通知网络服务者协助给予隔离、收集证据。 由于电子证据与传统的证据特性不同，侦查机关在收集电子证据过程中，必须严格履行法定程序，防止电子证据的灭失和被改动，必要时还同时制作证人证言、交由犯罪嫌疑人签字确认或者取证现场制作录音录像等视听资料辅助证明。