预防水污染。 城市化污染的主要预防措施是城市河流生态系统恢复，减少和延缓暴雨径流。目前在全世界，包括我国，都实施了重大的河流水利等工程，目的是改善航运、控制洪旱等。因此，河流经常被改道，河岸渠道化，导致生物多样性减少，生态环境用水缺乏，河流对付污染的能力下降，而洪涝发生的可能性就会增加。工业化的污染预防措施主要是工业企业的减排、再利用和回收、改革工艺、结构调整和清洁生产。农业预防污染的举措主要是改善土壤肥力，如发展有机农田、推广有机肥的使用等。
减少城市地区和农田的径流。 如美大湖流域1987年制定了《大湖水质协议》的修正案，明确规定解决城市径流和农业径流造成的污染的措施，限制使用农药和化肥等。为了解决硝酸盐问题，欧盟对废耕地的农民给予补贴，德国则对在莱茵河岸边附近不使用化肥的农民进行补贴。我国的巢湖、太湖、滇池也分别在“十五”计划中增加了限制使用化肥农药的规定，增加了生态农业示范区建设的面积等。
增强保护生态的决策意识。 人们无节制地使用河湖，以水资源开发利用为核心，既把它当作水源，又把它当成污水储蓄场所。致使景观和生态系统发生了巨大的变化，一定程度上导致了湖泊富营养化失控、生物多样性锐减、自然和生态遭到破坏。
建立积极的机制以控制污染。 国内外的专家一直在积极热衷地寻找和建议建立积极的激励机制，通过市场机制控制污染，如产品收费。很多专家认为，收取产品费尤其适合于处理非点源污染，如农业径流中的化学品污染问题，这些化学品是其它政策机制无法处理的一个问题。目前，荷兰、挪威、瑞典、芬兰、奥地利和丹麦都对化肥和农药征收特别税。另外也可以利用税收手段，可以免征税或缓征税，我国、加拿大等都对水污染控制设有减税或加速折旧等规定。另外罚款或征收排污费也是一种税制，这种税制的目的不是产生税收，而是为了改变行为，如排污费或污水处理费，但它的特点是宽恕了污染行为，而且需要监测，只适用于容易测定的特定污染物。因此常被称为双刃剑。这些年比较活跃的是可交易的排污许可证制度。