仙人掌的茎腐烂，一般都是从底部开始的。一旦发现近它的底部有变黄或变成棕红色，那就说明仙人掌准备腐烂了。如果情况变严重的话，就会变成黑色。
养护仙人掌时，顶部变成棕色或黑色，就有可能是感染茎腐病了。仙人掌感染茎腐病后会不断蔓延。如果不采取措施，整株仙人掌都会烂掉的。仙人掌有时也会从顶部向下腐烂，要及时采取措施，要尽早发现，并采取行动。
仙人掌从顶部开始腐烂，一般就是顶部积水了。比如说仙人球球体上面经常有积水，很快就会变成棕色，之后它就会慢慢腐烂的。如果是扁平状或柱状的仙人掌，有可能是伤口感染真菌。如果不小心被碰伤了，伤口没有处理好或是没愈合前就感染真菌了，就会导致仙人掌从顶部向下腐烂。
仙人掌一开始出现茎腐病时，一定要及时将所有腐烂的部分切除。如果切除不完整,或没有进行杀菌处理，这些真菌病害就会不断扩散，最终导致整株仙人掌都烂掉的。对感染性疾病的部分仙人掌，要完全切除。一定要仔细检查切口处，看一下切口是否还有联炼棕色或黑色的状况。一定要保证切口处是白绿色的才开始停止切割。
将感染茎腐病的部分切割完毕后，在切口处抹上一些草木灰。也可以让它自然晾干伤口，让伤口慢慢愈合，要注意避免伤口沾水。也可以用蜡烛滴下来的蜡，涂抹在切口处，这样可以达到密封伤口的作用，完全杜绝真菌感染。
养护仙人掌，如果浇水过度频繁，或盆土的排水性不佳，又或是土壤里携带病菌或有根粉蚧，都会导致仙人掌的根系和茎从底部向上腐烂的。一旦发现仙人掌的茎底部开始变成棕色或黑色，又或者是很长一段时间没有生长，一般都是因为根部生长不良，或者是感染根腐病导致的。
一旦发现仙人掌感染茎腐病或根腐病，要及时停止浇水。准备好消毒过的锋利的刀子或剪刀盆畜进行切割，可以用浓度为75%的酒精涂抹一下，或者放在肥皂水里清洗一下，都可以达到杀菌的效果。
可以用一个夹子或用纸皮将仙人掌包裹起来，再轻轻地拔起来。如果土壤已经结块汽强牢，是很难将仙人掌拔起来的，就要用小铲子将周围的土壤弄松。仙人掌拔起来之后，就可以切掉腐烂的根部和腐烂的茎，要往健康的部分多切割10厘米，保证切口健康。哪怕切口处是有一点点腐烂的迹象，真菌都会继续蔓延的，一定要确保切口处已经完全健康。对腐烂的部分进行切割时，一定要稍微斜切，避免口处有水残留。
感染根腐病和茎腐病的仙人掌，如果在两三周内没有处理就会直接挂掉了。仙人掌的切口一般是需要5天左右才能完全愈合,等它的伤口愈合后，会在切口的下方长出一些新的小芽。这些小芽会慢慢长成新的植株，甚至还可以长出更多的分枝。
如果仙人掌是感染根腐病，或从根茎底部向上腐烂，除了切掉腐烂的部分，还要把它放在通风遮阴处晾干伤口 ，先不要急着栽种。一般是放在通风透光处一个星期左右，等伤口完全愈合后。在切口底部涂抹一些生根粉，要均匀地涂抹。
提前可以准备一些疏松排水好的沙质土，可以用泥炭土搭配珍珠岩按照2:1 或3:1的比例混合，也可以用到腐叶土搭配粗沙，粗沙的比例要占盆土的30%以上。这些土壤一定要预先杀菌。还要准备一个新的花盆，花盆也要清洁消毒后再使用。感染过茎腐病或根腐病的土壤直接丢掉就可以了。
土壤可以喷一点点雾状水，但盆土不要太潮湿，接着就可以将晾干伤口的仙人掌重新栽种。刚刚栽种的前一两周，先不要急着浇水，也不要急着晒太阳。一星期后就可以给它补充一点水分，再慢慢见光，逐渐增加光照。每隔一周就增加一点柔和的散射光。后期就可以把它养在通风透光处，给多一点光照。