机械性并发症：包括因导管过粗，材料较硬等造成的咽部刺激和粘膜损伤，营养管堵塞以及导管异位。在导管选择上应注意其管径不宜太粗，目前肠内营养制品的溶解性均较好，沉渣少，管径0.3-12.5px一般可以满足需要，片剂药物应尽量研碎，并充分溶解后投入，注入后用水冲洗导管以确保无堵塞，对于溶解后成糊状或胶冻样的药品避免使用。昏迷或存在气管插管的病人，因不能很好的配合，往往给鼻导管放置带来困难，使导管置人气管或盘于鼻咽部。因此，应在抽出胃肠液或经X线检查确定其正确部位后方可使用。导管位置不良时应予以调整或更换。
呼吸道并发症：误吸与肺部感染，多发生于昏迷、导管位置及胃排空不良时，尤其是在接受了食管、胃手术使解剖结构发生改变后。在进行肠内营养时，床头抬高30度以上，调整导管位置使其尖端通过幽门，最好达到Trietz韧带以下。胃运动不良者应用胃动力药物。行气管插管给予人工通气治疗的病人，吞咽、咳嗽反射降低，加之一些病人胃肠功能障碍，胃液潴留、腹胀等，使反流、误吸的发生率增高，甚至导致吸人性肺炎，所以在EN支持时，最好采取空肠置管。并避免采用分次注射或滴注的方式。
胃肠道并发症：如恶心、呕吐、腹胀、肠痉挛、肠蠕动过强、腹泻、胃潴留等，这些并发症可能与不适当的营养制品配方选择，或不适当的输注浓度与速度有关。这在危重病人行肠内营养开始阶段时较易发生，特别是当病人存在有腹腔及全身严重感染时，肠吸收与运动功能往往较差，血清白蛋白浓度较低时(<25g/L)，肠壁缺血、水肿，且肠绒毛吸收能力下降。此外，在营养液渗透压较高、滴注速度过快、温度较低或被细菌污染时均可发生。一旦出现腹痛、腹胀、腹泻等症状时，应暂停肠内营养液的滴注，待上述症状缓解后再重新开始。 此外，放置空肠营养管的病人，可出现倾倒综合征，多因高渗营养液进入小肠所引起，应及时稀释营养液及减慢输入速度。
代谢性并发症：包括葡萄糖不耐受，电解质失衡及某些营养素缺乏或过剩。 1)糖代谢紊乱：患有糖尿病、重症胰腺炎以及感染、创伤等应激后，其他任何原因引起葡萄糖耐量下降的病人可出现血糖升高。因此，在肠外营养支持时，特别是在初期阶段应注意血、尿糖的监测，由小剂量开始逐渐增加用量，补充胰岛素或服用降糖药物。此类病人往往需要降低葡萄糖的供给量。 EN支持停止的过程亦应是逐步的，并随之向其他形式过渡，因为肠道对于较高浓度的糖已适应，突然停止，易发生低血糖反应。 2)电解质失衡：如血钠过高或过低，血钾过高或过低等。存在消化液大量丢失及应用利尿药物的重症病人，应注意钠、钾、镁等的补充。肾功能障碍时应限制钾的摄入，颅脑损伤的重症病人，可合并有中枢性水盐代谢紊乱，如出现尿崩样改变，使排尿增加并出现顽固性低钠及血钾的改变。