配对繁殖购买时如母鼠不足，可安排公、母鼠配对，配对一定要不同窝（指出生时）的公母鼠配合，这样的1公1母配对，便于做详细繁殖记录，有利于保持纯种，选育良种多采用这种方法。
配组繁殖由1公2母或1公3母配成一组，但多数的做法是配成2公4母或2公6母或3公12母，这种配法，母鼠是可以同窝的，公鼠一定不能用同窝生的，在选配时还要注意公、母鼠之间的亲和力，公、母鼠合养一周，仍出现打斗或多次发情不配种的，说明该组合公、鼠母亲和力差，不宜配对配组，应重新组配。
一夫一妻制竹鼠的记忆力较强，基本上是一夫一妻制，一旦配对或配组繁殖后，便很难拆散重新配组，所以不论是配对还是配组，必须从小合群时就作出妥善安排。防止近亲繁殖凡三代以内有直系亲缘关系的公、母鼠都不宜配对繁殖。因此，同窝的公、母鼠不能直接配对或配组，必须与另一窝交叉搭配才能避免近亲繁殖。在较大的养殖场内，不同窝的仔鼠断奶时单独饲养一个月后，可放到大池合群饲养，合群后配组才出售，所以引种养殖户应注意这一问题。
竹鼠配种竹鼠的常规配种法：从未产仔的母鼠、公母从小混合群养的，可让它们自由选择交配，发现怀孕后再将怀孕母鼠隔开单独饲养。已产过仔的母鼠30天~35天断奶后，将母鼠转移到大池与其他公、母鼠合群饲养，或分隔出来与原配公鼠单独饲养。营养条件好的，断奶时间也正好是母鼠发情时间，公、母鼠合群2天~3天后就能配上种，如发现将要断奶的母鼠咬仔，而饲料又不缺乏，则表明母鼠提前发情，须及时将母鼠隔离，让公鼠及时与它配种。
竹鼠血配法此法是缩短繁殖周期、提高母鼠产仔能力的有效方法，公、母鼠合笼饲养的，产仔时要将公母分开，母鼠产仔后12小时，情绪已经稳定，并有寻找公鼠的表现时，即可进行“血配”。方法是在产仔后12小时~48小时，两次将母鼠提出来放入公鼠笼内，分别与两只公鼠复配。这两只公鼠必须是从小就与母鼠合群养大、互相亲近的，否则公、母鼠相遇会打斗不休。第一次交配可在产后12小时~24小时进行，第二次则在产后25小时~48小时进行交配，每次合笼时间为1小时，配种完毕，再母鼠放回产仔窝室喂仔。这样重复配种可提高受胎率的产仔数，只有实行“血配”，一年才可能产仔5胎，只有实行复配，1胎产仔数才可能达到5只~6只以上，但此法不适合初养者尝试。