1、炭疽病又称黑斑病，褐腐病，斑点病等，也是石常见真菌病害之一。石斛炭疽病主要危害叶片，发害初时。在叶面上出现若干淡黄色、黑褐色或淡灰色的小区，内有许多黑色斑点，有时聚生成若干带，当黑色斑点发展是时，周围组织变成黄色或灰绿色，而且下陷，严重的可感染至茎枝。发病适温为22℃～28℃，相对湿度95﹪以上。病原菌以分生孢子飞散进行空气传染，一般通过伤口侵染。但当分生孢子附在健康的兰叶上时，即使侵入也不发病，而是潜伏在组织内，当寒害、药害、H灼、肥力不足等情况发生时，石斛抵抗力减弱，潜伏菌丝开始活动而引起病害。1～5月为本病害的主要发病期。防治方法：发病时要剪去受感染的器官，并哟能50%多菌灵800倍液、75%甲基托布津1000倍液喷杀；在发病前用65%代森锌600～800倍液、或75%百菌清800倍液、或75%白菌清800倍液加0.2%浓度的洗衣粉喷布预防；用50%多菌灵1000倍液或70%甲基托布津1000倍液喷雾喷雾2－3次。，以预防并控制该病对新株的感染。
2、黄斑病一般表现为叶片发病。发病初期在叶面上生成不明显的淡黄色，后扩大为周边不清晰的黄色病斑。病斑的中央出现褐色斑点，有时在病斑的背面出现黑霉。 防治方法：栽培时采用适当密植、避免浇水过量、并喷施植宝素7500倍液，促进植株早生快生增强抵抗力；在发病时，可采用75%百菌清可湿性粉剂1000倍液加70%甲基硫菌可湿性粉剂2000倍液喷施防治，隔7～10天一次，连续2～3次；
3、疫病主要危害石斛的叶片及地面处。叶片染病时，初期呈水浸状斑点，然后很快扩大变为黑褐色腐烂状造成落叶，有时在叶片受害表面处有白色薄霉层。防治方法：却除受害部位，或将病株隔离进行单独管理以防传染；在发现病株时可采用25%甲霜灵粉剂600倍液、40%疫霉灵可湿性粉剂250倍液、40%甲霜铜可湿性粉剂700倍液等喷雾防治。也可采用50甲霜铜可湿性粉剂600倍液灌根，每株灌300g。