使者校尉： 太初四年（公元前101年），汉武帝派贰师将军李广利率兵讨伐大宛（今乌兹别克斯坦费尔干纳），取得了胜利，西汉在西域的威望大增。西域各地都派遣使节前往中央王朝贡献。为了保障西域各国使节前往内地的道路畅通无阻，西汉从敦煌西至盐泽（今罗布泊）一线修筑亭障，并在轮台、渠犁派驻屯田卒各数百人，设置“使者校尉”领护。“使者校尉”是西汉中央政府在西域设置的最早官职，其办事机构是最早的军政机构。 （二）伊循城都尉 西汉元凤四年（公元前77年），应鄯善王尉屠耆请求，汉朝派司马1人，吏士40人前往鄯善境内的伊循城垦田镇抚并在伊循城设置都尉。 （三）使护鄯善以西南道校尉 汉宣帝本始二年（公元前72年）冬季，匈奴讨伐乌孙。时逢天降大雪，匈奴人马大量伤亡，被匈奴控制的西域各国人民纷纷奋起反抗。西汉乘此匈奴“大虚弱”之机，由在西域渠犁屯田积谷的侍郎郑吉于地节二年（前68），调发西域各国的军队，攻下姑师城（今吐鲁番）。随之升任郑吉为卫司马，“使护鄯善以西南道”又称为“使护鄯善以西南道校尉”。在“使护鄯善以西南道校尉”之下还设有副司马、丞、都尉、郎等官职。
伊循城都尉： 西汉元凤四年（公元前77年），应鄯善王尉屠耆请求，汉朝派司马1人，吏士40人前往鄯善境内的伊循城垦田镇抚并在伊循城设置都尉。
使护鄯善以西南道校尉： 汉宣帝本始二年（公元前72年）冬季，匈奴讨伐乌孙。时逢天降大雪，匈奴人马大量伤亡，被匈奴控制的西域各国人民纷纷奋起反抗。西汉乘此匈奴“大虚弱”之机，由在西域渠犁屯田积谷的侍郎郑吉于地节二年（前68），调发西域各国的军队，攻下姑师城（今吐鲁番）。随之升任郑吉为卫司马，“使护鄯善以西南道”又称为“使护鄯善以西南道校尉”。在“使护鄯善以西南道校尉”之下还设有副司马、丞、都尉、郎等官职。
西域都护府： 汉宣帝神爵二年（公元前60年），匈奴在内外交困中陷入分裂，右贤王屠耆堂在故单于颛渠阏氏的配合下夺取了单于位。本应继承单于位的左贤王之子日逐王先贤掸心中不快，又素与新单于不合，唯恐被杀，遂投降汉朝。郑吉征调渠犁、龟兹诸国军队5万人，迎接日逐王降汉，并把日逐王在内的1.2万人、小王将12人护送到京师。日逐王降汉后，匈奴原来设置的“僮仆都尉”撤销，匈奴益弱，其势力已不得近西域。汉朝遂授命郑吉“并护车师以西北道”，故西汉朝遂将郑吉加官为“西域都护”。 西域都护府内设机
西域都护府内设机构： 神爵二年（公元前60年），西汉政府设置西域都护府，治乌垒城（今轮台县策大雅），西域都护府中除都护之外，还设有副校尉，其下有丞、司马、千人等职官。西域都护府辖西域三十六国，节制戊己校尉、屯田校尉等官。
西域都护府的变迁： 西域都护府建立之后，治理天山南北军政事务长达70余年。至西汉末年，王莽专政，随意更易西域各地方政权首领的官职称谓，又无理捕杀车师后王须置离，引起诸国不满。始建国五年，焉耆王受匈奴唆使，攻杀西域都护但钦。天凤三年，王莽又派五威将王骏、西域都护李崇、戊己校尉郭钦领兵出征西域，大败。西域都护李崇率余众避居龟兹守护，是后去向不明。