世界一分为五化成圣痕，新时代降临!上古时代由绝对神只创造，随着时代的变迁，逐渐分成人族、圣族、兽族、夜族、妖族，形成五族各自所统治的国家，中间区域是属于神的煌天地带，并由神指定了人族的领导者持有「天上王权之印」，从此人类领袖成为凌驾于其他四族之上的王者—人皇。传说拥有「天上王权之印」者，即拥有幻想大陆的统治权，本来天上王权之印由煌天帝国每一代人皇持有，但在传承到人皇杰菲尔时，杰菲尔却受到夜魔女赛莲娜的蛊惑而堕落，引发暗黑战争。随着战争落幕与杰菲尔殒命，神只赋予人皇的天上王权之印，一分为五化成圣痕，掌握在四族之王以及黑骑士蓝斯洛特-加龙省手中，也因此，幻想大陆将进入一个新的时代。游戏一开始可以选择军师，由四位军师中选择一位引导游戏，军师辅助功能总括了收发信件功能、战斗报告纪录、各类排行榜查询，以及会随着玩家等级、劳动人口数、声望与讨伐值而有所不同的军师好感度对话。根据所选择的军师不同，在进行游戏的过程中，可以看到各种不同的对话，例如在生日、特殊节庆时，系统会根据平日玩家有与军师的好感度对话互动，而触发意想不到的特殊事件，也能拿到特殊奖励。《圣境幻想》是以征战为首要任务，故佣兵的养成有举足轻重的必要性，战争胜败的关键往往与训练的佣兵素质有关，想决胜于千里之外，拥有过人的佣兵势必是赢得胜利的首要条件。佣兵可以透过各种召募方式取得，用以进行战斗、冒险或军团战，是最主要的战斗力来源。召募佣兵时即有机会召募到稀有度高的高级佣兵，依照稀有度高低而有能力上或技能上的不同，特别是支配力影响出战时可以携带的士兵数量，是战力的重要指标之一。S级与A级佣兵，还可以有特别的佣兵剧情任务，随着每日冒险提升佣兵好感度，就可以了解这个佣兵的故事唷！
佣兵特殊技能影响佣兵好坏的因素，除了上述所提到的各项属性数值以外，就属「佣兵技能」了！ 每一位佣兵皆可搭载4项技能，而技能在战斗中触发施放，成为战场上另一个关键成败因素，初始技能皆只有一种，必须透过强化系统进行新增与强化。
佣兵强化再强化佣兵可以透过「强化系统」进行强化，不论是统领兵种的能力数值，或是增加搭载新的佣兵技能，以及再强化现有的技能等级，让强的佣兵更强，发挥出主导战场的超强实力。赌上最强佣兵团的荣誉，决一胜负吧！
以兵种相克为重点的战斗基础兵力雄厚 = 必胜？！不见得如此！ 在游戏中可分为近程兵种与远程兵种，想当然尔，近战中当然近战兵种取得优势，远程兵种当然就是保持距离打游击战啰！在募兵时会有详细的兵种相克资料，把握有利的出战兵种，也是致胜的关键唷。 小撇步，无论是军团战还是野地战争，都可以先看过敌方阵容再决定出兵的兵种与数量，派出与之相克的兵种，就可以事半功倍啰！
军团战军团战有限定开放的时间，非军团战时期是无法参战的，在开放时间中可点选「军团战」页面，将会出现目前世界中所有的军团，各是「圣王军、兽王军、妖王军、夜王军」，在中央窗口上依次显示的是「军团顺位」，就例如图上所示，目前是妖王军排名第一。此页面上头有四个功能「军团情报、战况、军团战排行、部队出击」，而在未选定参战的军团之前，「部队出击」的选项都会呈现是反白无法选择的状态。每次军团战皆可选择一种军团完成报名，除了自己所选择的军团以外，其他未挑选的军团「参战」的选项就会消失。原本右上方呈现反白的「部队出击」也变成可选择的选项。「战况」、「军团战排行」等项目主要显示的是目前各军团所有的战争相关纪录信息，由此信息可以了解到目前各军团的军力消长起伏，也可作为加入军团前的参考依据。
部队出击进行「部队出击」可选择所要攻打的地区，当然这些地区也是有难度的分别，每击破一个据点，就可以进入下一个据点。在地区的选择上，建议以循序渐进的方式进行，因为它的难易度排列是由简单到最难。建议在攻打前夕，多考虑自身拥有的各种类士兵数，再进行攻打，有助于增加胜算。「军团战」战斗的方式和「地图」系统中的攻击方式相同，选择出战佣兵与携带的兵种、士兵数量，之后采取棋盘格的战斗模式进行。战斗胜利之后，可以再次选择「部队出击」的选项，进而攻打下一个据点，越是后面的关卡，击破之后可以得到的奖励越是丰富，并且也有机会得到特殊的佣兵装备。征战最后总会分出胜负，想必您也想成为永远不败的常胜军，所谓养兵千日用于一时，胜负与否那就得倚靠平时的训练啰。