来到逍遥门，就看到这里尸横遍野，原来古月轩渡劫失败，变成了怪物。打败魔化的古月轩，正欲给他最后一击的时候师妹出现。没想到，为了请求方轻云的谅解，师妹自杀。
与白伶交谈，选择第一个，和白伶会有更深的进展。再次回到逍遥门，就是刚才打古绝轩的地方，会看到桃树，然后方轻云会想起了儿时的回忆……曾经和大师兄，小师妹的约定，三个人一起行侠仗义。然后就是在逍遥门四周围逛逛。之后就前往仙帝的住处。在仙帝的住处却找不到仙帝，而黄芸在此时不小心触动了密道的开关，于是众人深入密道。
进入暗道深处，再次看到魔化的古绝轩。打败古绝轩后，三人进入仙帝密室，方轻云看到密室里挂着母亲的画像，并且法相了仙帝的手卷，得知这一切的一切都是仙帝搞的鬼。 此时仙帝出现，与之PK，必输。就在仙帝准备杀方轻云的时候，魔化的古绝轩出现，挡住了仙帝。方轻云等人则是趁乱逃走。没想到来到圣域门口，再度被仙帝等人堵截，交战，必输。此时，方轻云再度魔化。
白伶施法，终于带领众人逃离仙帝的围困。此时在栖星湖，白伶为了救治方轻云耗尽心力。方轻云恨透了仙帝，于是从白伶口中得知，白伶正是魔门圣女。而方轻云则成为了魔门新门主。于是众人前往隐月镇，解开魔门的封印。来到隐月镇，要把贪狼和破军合二为一。
之后获得破军贪狼。魔门的封印也解开。于是众人前往圣域杀仙帝。在仙帝住处的门口，黄芸独自留下拦住士兵。前往仙帝殿的时候，看到早已魔化的古绝轩。打败古绝轩后，还有一丝清醒的古绝轩希望方轻云给他最后一击，而方轻云也想到了小时候师兄鼓励自己的记忆。
打败古绝轩后，来到仙帝密室。与仙帝开展最后的战役。结局列表：1任务没有完成。选择不杀厉苍凌。墨心消失，化作一枚青玉。之后白伶又晕倒，此时二人回到了栖星湖，然后精力已经殆尽的白伶靠在方轻云的怀里，慢慢死去。
2任务没有完成。选择杀厉苍凌。师傅的恨，母亲的恨，都已近完成。墨心消失，化作一枚青玉。方轻云准备带白伶离开，白伶却说方轻云还有帝位。并从白伶那里得知，母亲就是为了厉苍凌才封印魔门的。之后魔门之乱已圣女的死而告终，方轻云则是成为了仙帝。也就是说全都死了，就剩下了方轻云一个人。
3支线任务完成、找神秘人换取晶元、有境返。向仙帝询问时空之神，并告知仙帝，方轻云有3次穿越的机会。第一次穿越，回到方轻云7岁那年；第二回，穿越到方轻云出生那年；并得知方轻云并没有杀死逍遥掌门，而是将其封印，而师兄古绝轩的魔化，也可以解决。方轻云叫仙帝为父亲，并不想恨他。
于是带着墨心和白伶离开，来到湖心岛找鲛精，将鲛精变成人形，与枫山神团聚。在前往逍遥门，让古绝轩和林雨诗复活。最后则是方轻云娘亲的复活。
最后就是方轻云、白伶、墨心、黄芸一起生活在栖星湖~从此过着幸福的生活。