相关人员风险意识不足，财务岗位设置不够合理,相关人员责任意识不强。由于行政事业单位具有非营利性和公共服务性，预算编制、业务经办、财务人员等往往认为按预算取得资金和使用资金，就不可能存在财务风险，即使出现风险也是由国家或单位承担，从而对资金支付、成本控制漫不经心。由于受行政事业单位编制限制，造成人员相对紧张，财务岗位安排不尽合理，单位存在一人多岗多职，不相容岗位也有兼职存在。加之部门间的责权利不清晰分明，从而出现财务风险的控制的漏洞。
内部控制制度缺位，行政事业单位在资金管理、预算流程、审批控制、不相容制度分离等并没有针对性，或者不完善，或者未得到良好执行，在一定程度上加大了财务风险的可能。
强化财务风险的防控意识，合理设置财务岗位。对于财务人员来说，要考虑将风险意识的培养与其岗位责任指标联系起来，并与会计继续教育相结合，加大财务风险的辨识与控制培训力度。
对于会计岗位的设置，应做到：一是会计岗位应当与本单位内部管理和会计业务相适应；二是各会计岗位都要有明确职责；三是各会计岗位之间要分工明确；四是实行不相容职务分离；五是对各个岗位工作进行不定期考核。
完善内部控制制度及执行力度，根据国家对内部控制的几本要求，应建立内部牵制制度、内部稽核制度以及内部审计制度。首先，严格按会计集中核算与国库统一支付的相关规定办理经济业务，杜绝“小金库”和资金体外循环的现象。报账单位要做好相关事项的初次审核，检查是否按预算、按规定进行了开支，从源头做好把关。其次，明确相关人员职责权限与审批流程。
明确业务经办人员、财务人员、内部审计人员的职责权限，明确单位项目投资、资金支付等重要经济业务的决策程序，做好财产清查、专项审计、离任审计工作。最后，要改变各报账单位仅仅依赖于会计核算中心的监督的思路。
加强自身意识，财务签名一定要自己签。财务部门作为一个资金的流出方，它要对资金进行一个监管和控制，如果资金在一个部门流出又流入，本身就是缺乏监管的，财务人员要主动避开这个嫌疑。 但这种情况又是作为财务人员会经常碰到的，小编建议，出纳应当避免直接给总经理现金，而可通过银行将此类报销款打入总经理的银行卡中（如工资卡），并保留一份银行打款回单的复印件，这样，不管发生什么事情，自己手中也有了凭证，万无一失。
建立有效的财务风险预警机制及模式，就行政事业单位而言，其预防与控制财务风险的最有效的方法就是根据本单位的实际情况建立一个科学合理的财务风险预警机制或模式。因为就财务风险而言，无论是在企业还是在行政事业单位之中，其形成及扩展的阶段都是有所规律的，根据这种规律可以有效地预测财务风险甚至量化财务风险。
而在对预警指标及相应的预警值进行设立时，要充分注意其连贯性与一致性，但在必要时也应根据实际情况进行相应的变更。另外，在财务风险预警模式建立时，要充分借助于现代信息及数据处理的技术，因为财务数据一般都是以海量数据的形式存在，根据信息技术建立的预警模型可以充分实现对海量财务数据的有效处理，从而达到对财务风险进行识别或预警的目的。
建立基于顶层设计且简约有效的财务管理制度。行政事业单位应树立“制度为王”的管理理念，聘请真正了解行政事业单位经济活动特点的财务专家和法律顾问，定期对单位的经济风险、法律风险开展全面排查，定期分析评价单位的财务状况，找寻影响单位发展的最主要不利因素与风险，组织全员参与风险排查和防范制度建设。