大秦帝国三年。雁门关峡谷，一场恶战一触即发。项燕带着少年项羽被逼上了绝境，秦朝大将蒙毅亲自率领三百精兵将二人围困在吊桥之上，一场恶战之后，项燕身负重伤，为了保住项氏血脉，项燕毅然决然地选择了秦兵同归于尽。
十年后，少羽已长大成人，在神秘人的指引下，少羽离开生活了十年的西山，前往吴县寻找项梁。路过枫山的时候，遇到了丢失药经的虞姬，帮助虞姬找了药经后，二人一同前往吴县。之后，虞姬回到镜湖，临行前送给少羽一只竹哨。少羽名正言顺地成为项氏家族的少主人。
少羽在叔父项梁的指导下学习武功和兵法，不断成熟。一天，一个身着秦国装束的少年闯入营地，此人名叫龙驹，受高人委托来到石湖营地找项氏家族。令人不解的是，少年身上竟然中了一种奇怪的剧毒，众人束手无策。为了解除龙驹身上的剧毒，少羽带着龙驹前往镜湖寻找药家弟子虞姬。
二人一路上躲避秦兵的追杀，来到了镜湖渡口，少羽吹响了虞姬送给他的竹哨，不一会儿，虞姬驾着小船出现。一阵寒暄后，三人驶向芦苇深处。半路上，水底下竟然串出黑衣杀手。一路过关斩将，众人来到镜湖茅庐，见到了虞姬的师父-端木蓉，竟然是一位绝色美女。端木蓉为龙驹诊断之后，龙驹身上的毒竟然是阴阳家的五行咒印。端木蓉也不能解除龙驹身上的咒印，唯有机关城的万象魔音宝盒能够缓解，于是，三人决定前往机关城。传说中的机关城早已在一场战争中毁灭，没有人知道它的下落，龙驹手上的地图仅仅只是提到机关城在东方的蓬莱山，三人决定先到齐国的聚贤山庄打听。端木蓉让三人去找聚贤山庄的铁牙，他或许能提供一些帮助。 离开镜湖茅庐，重新坐船的时候碰到镜湖的范老头，和他对话，可选择前往宝岛，宝岛上堆满了金币，同时也充满危险，如果没有一定的实力，很可能会丧命。离开宝岛继续前行，竟被前韩国刺客团的高手飞天凌拦截。一场恶战后，幸亏端木蓉即时赶到。
三人来到聚贤山庄，决定先找酒店填饱肚子，此时龙驹发现一个奇怪的女子站在垂柳边发呆。三人来到西城客栈后，竟然碰到了铁牙，原来铁牙就是这间客栈的老板，铁牙也非常热情，他早已收到端木蓉的飞鸽传书，交谈过程中得知，朝廷已经颁布了禁海令，没有城主的通关印鉴，任何人也不能出海，这时候公孙城主的助手曹及出现，曹及非常热情地将城主公孙伯介绍给他们，并让他们去拜访公孙城主。于是三人决定先去找公孙伯碰碰运气。三人离开客栈后，在一座小桥上碰到那个奇怪的女子（小白），她被几个儒家弟子拦下，众人怀疑她是阴阳家的卧底。龙驹感到女孩（小白）很可怜，出手相救打败儒家弟子，女孩子没有表示感谢，一声不吭地走了。
来到公孙伯的府邸后，公孙城主表示，除非三人能证明自己的实力，否则拒绝提供通关印鉴。于是，三人按照公孙城主的指示前往恶人谷剿匪。恶人谷位于聚贤山庄北面，夺回土匪的作战计划书之后回到公孙府复命。 打败恶人谷的土匪头目之后，回到聚贤山庄找公孙府。此时公孙伯已被人杀害，曹及等人在公孙府内等候少羽一行，曹及将杀死公孙伯的罪名栽赃到少羽身上。曹及将少羽三人押送到百里外的流放岛。龙驹的五行咒再次发作，情况危机，这时候，聚贤山庄的小白驾着小船赶到，将三人救走。 三人上了小船后，突遇海浪，小船被劈成两半，众人漂到了小蓬莱山的长岛渡口，小白治好了龙驹身上的五行咒，众人发现小白原来是阴阳家派到聚贤山庄的卧底，不过小白早已和阴阳派脱离了关系。 小白决定回到聚贤山庄帮助铁牙夺回聚贤山庄。少羽一行继续往北，到达小蓬莱山，在小蓬莱山补给后再前往机关城遗址。
穿过小蓬莱山北面的啸风峡谷，来了机关城遗址，首先推开石门下的两尊石像，接着来到甬道，甬道的铁门是锁着的，需要先找到控制门的机关，门的开关在甬道的中间位置，会有感叹号提示，打开铁门后继续朝北走。来到生死门。生死门有两边路可选，左边是生门，右边是死门，不同的路会有不一样的遭遇哦。不论选择生门还是死门，最终都会来到亡者祭坛。此处是墨家机关城的祭祀场所，祭祀台上有三个宝箱，中间的宝箱装着墨家至尊宝典《城守》。获得《城守》后，早已潜伏的飞天凌现身，和主角发生战斗，此处战斗失败不会影响剧情发展。
和飞天凌战斗结束后，主角一行筋疲力尽，晕到在地，幸好被即时赶到的墨家巨子所救。原来墨家巨子竟然是教少羽武功的神秘人，同时也是十年前雁门关一战的蒙毅。当年蒙毅和项燕跌入谷中，并没有死。身中剧毒的墨家巨子意识到自己的日子已经不多，便将墨家巨子之位传给了龙驹。小白也被阴阳家大祭司东皇太一抓走，龙驹决定要去救小白。
三人开始踏上拯救小白的道路。离开小蓬莱山，从长岛渡口坐船到聚贤山庄。一路向南，来到华夏全图，进入雁门关，穿过影月山峦，在战戈峡谷遇到东皇太一。众人敌不过强大的东皇太一，晕到在地，被即时赶来的项氏家族救下。东皇太一手上的阴泉剑位列兵器排行谱第二，几乎无人能敌。为了打败东皇太一，三人决定去拜访隐居的铸剑高手荀清。离开石湖营地，前往聚贤山庄南面的桃园。从云梦山峦往东就能到达桃园。门口的小书童挡住了众人的去路，荀清的性格太古怪，从来不见人，只有拿铁牙的烤山鸡才能打动荀清。于是三人再次前往聚贤山庄，找到铁牙厨子，给荀清送去一只烤山鸡。荀清获得烤鸡后，帮助少羽打造了一柄鬼神戟。
轩辕一出，神形俱灭。 天人合一，所向披靡。 最终，东皇太一元气大伤，小白被打下山崖，而虞姬为了救少羽，被东皇太一抓走。