来到轩辕皇都，众人要进灵霄殿却被守卫拦在门外，红绫闹别扭离开队伍，出现选项选择第一个：追回红绫。去皇都右下角找到红绫，重新归队。旁边有一个推销诛仙银针的老头，要1000银两，三枚，一定要买下来，而且不要乱用，后面会有大用的。进入左上角的客栈，仙界尊使出现将天佑他们带入灵霄殿，仙帝和仙界尊使相信天佑的清白，天佑知道自己的身份，仙界尊使将五彩仙兰送给红绫。之后要去寻找九幽晶兰。
为了进入玄冥洞窟，一行人来到幻月神教，在大院里会受到阻拦，进入BOSS战，共有两个BOSS，建议先集中解决一个，剩下的就好打了。战斗后往上走，进入幻月神教大厅，见到幻月尊者，告诉了天佑进入玄冥洞窟的方法。从右上角进入密道，密道里的怪物等级又提高了，通过了密道以后进入玄冥洞窟，遭遇BOSS三足乌。胜利后取得九幽晶兰，洞窟下方接口开启，可以直接出去了，洞外的怪物更强，大家不妨练练级再走。
穿过灵隐镇回到栖星小筑，渡过一段悠闲愉快的时光，之后仙界尊使带来坏消息，天剑院有危机。几人随仙界尊使赶去灵霄殿，听仙帝说出详情。几大派正在藏剑山庄商议围攻天剑院，逼出上官天佑。
再次来到藏剑山庄，练练级上山，在藏剑山庄内，几大派的人都聚集在了这里。接下来会有两场BOSS战，第一场对慕容宇，第二场对玄心剑尊，第二场即使战败了也不会游戏失败，剧情会继续发展。天佑遭到偷袭，若冰帮天佑挡下，红绫牵制住几大派掌门，这里的择第二项：留下帮助红绫。虽然还是会被红绫轰走，但好感度会上升。带着受伤的若冰躲进了禁地深处。若冰的伤得到了恢复，红绫也全身而退赶了过来。然后可以出发回太玄山了，离开藏剑山庄前不要忘了上山去拿宝箱。
久别后天又再次回到天剑院，这里居然已经遍地尸体，在天剑院的院子里可以练练级，更别忘提升一下自己的元婴。从上方进入天剑院大厅，慕容昂正欲对玉玄子下手，玉玄子奄奄一息。上前阻止慕容昂，战斗。如果没有好好练级和提升元婴的话，这场战斗将会很艰难，一定要及时补血。战胜后，慕容昂变成一个怪物逃走。跟玉玄子对话，得到神兵蓝翼，选项选择第二个：我一定会将大师兄带回来!玉玄子安详的离开了。答应师父了，下面就去仙霞山仙剑门找回慕容昂吧。
来到仙霞山，一边练级一边上山，进入仙剑门，跟天剑院一样的惨状。魔化的慕容昂将慕容宇杀死。天佑一行人上前，进入战斗。胜利后三大派掌门赶到，又认为是天佑所为，幸得仙界尊使出面解释。慕容昂被押至灵霄殿。天佑等人也去了灵霄殿，想跟仙帝一起追查这一切的幕后真凶，仙帝提示天佑他们先去阴山天魔宫取得当年天佑他爹留下的留情，寻找线索。这个时候可以进入蜀山和雁荡山两个场景了，有两大掌门可供挑战，如果对实力有自信的话就去试试吧，赢了以后还能带走两把神兵。太玄山的后山还能遇到一个神秘人，去看看吧。