癸卯学制包括各级各类学堂章程，还附有学校管理法、教授法等。见癸卯学制系统图所示。整个学制分为初等教育、中等教育和高等教育三段，三段又共分为七级：初等教育有蒙养院( 4年)、初等小学堂( 5年)、高等小学堂( 4年)，中等教育有中学堂( 5年)，高等教育有高等学堂( 3年)、分科大学堂(3-4年)、通儒院( 5年)。与中间三级并列的还有同级实业学堂和师范学堂。
从学制看，延续时间过长，总计30年之久，即使不算两端的蒙养院和通儒院，也有20年以上，这样长的学制一般人很难修完，体现的是逐级淘汰的封建选拔制。学制中初等教育和高等教育份量重，各有三级;而中等教育份量轻，只有一级，属于过渡性质而已，可见尚未摆脱封建传统的小学-大学的框架构建。
从课程设置看，传统的中国经学教育内容仍占很大比重。读经讲经课，初等小学堂占总课时的40%(还不算每天半小时的温经)，高等小学堂占总课时的三分之一，加上与之密切相关的修身课，仍占40%。小学不设外语，也是要保证学生打下坚实的传统中学根基。中学堂的读经讲经和修身课也占总课时的三分之一。高等学堂政科(即文科)，经学、伦理仍为必修课，艺科(即理科)也设有伦理课。
从学校设置看，按地方行政级别规定办学级别，如初小由乡镇设立，高小由州县(及大镇)设立，中学由府(大州)设立，高等学校在省城设立，最高学府设在京城，同时鼓励私人办学(限于小学)，也是套用了传统的办学体制。
从学校管理看，保留旧学校每月朔日(初一)的祭孔、宣读《圣谕广训》的典礼，及月课、岁考、以学业成绩奖惩学生的各项制度。毕业考试由地方官会同学堂监督(校长)和教员主持，各类毕业生分别赋予相应的科举出身，如通儒院毕业生按翰林升阶，大学本科毕业生作为进士出身，高等学堂毕业生作为举人出身，中学毕业生奖以(国子监)拔贡、优贡、岁贡，高小毕业生作为(府、州、县学)生员，即秀才出身。师范学堂和实业学堂比照同级普通学堂给予毕业生科举出身。
仍没有女子教育的位置。章程以中国男女之辨甚谨为理由，规定“女子只可于家庭教之”。不过在西方男女平权主张的影响越来越大的情况下，加上蒙养院的设立要求有受过教育的女性师资，所以女子入学受教育已是不可遏制。1907年，清政府正式批准设立女子小学堂和女子师范学堂。女子初小和高小的学制均比男子初小和高小少一年，课程也少一些，可见其地位仍低于男校，而且女校的防范制度措施极其严格，以保持“男女大防”的封建礼教。尽管如此，女校的设立，毕竟开创了中国女子教育发展的历程。
尽管癸卯学制带有浓厚的封建色彩，但从性质上说，它毕竟属于近代新学制的范畴：它具有完整的、上下衔接的学校体系，学习近代自然、社会和人文学科，规定统一的学习年限，实施班级授课制，编制了专门的教科书这些都与封建传统教育有本质区别
癸卯学制的颁布结束了中国延续了两千多年的封建传统教育体制，在教育史上具有划时代的意义。