《关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》中明确规定：没有单独设置账册准确核算的，税务机关应责令企业在规定的期限内进行改正。逾期仍未改正的，税务机关可对企业发生的职工福利费进行合理的核定。”这是税务部门加强对企业职工福利支出税前扣除管理的措施，也体现了职工福利费核算本身对纳税影响的重要性。
通知中虽然没有明确说明如何“单独设置账册”以及如何“准确核算”职工福利费等问题，但是清楚的是，企业必须对职工福利费的支出在专门的账册中进行设置，而不仅是简单的设置账户。
企业对职工福利费的建账必须从职工福利费的支出计划、支出确认到原始凭证的审批和会计凭证的记载、复核，再到对职工福利费账户的记账都能真实、清晰、规范和准确的反映，便于企业自身纳税申报和税务部门日常监督和检查。
企业最起码应该单独设置核算职工福利费的专门账户，清晰和准确核算职工福利费的各项明细内容。如执行《企业会计制度》的企业可单独设置“应付福利费”一级账户，必要时再在此一级账户下设置二级明细账户;执行《企业会计准则》的企业，在“应付职工薪酬”一级科目下设置专门的二级明细账户，必要时可专门增设核算职工福利费的一级账户——“职工福利费支出”,再在此一级账户下设置二级明细账户。
另外，根据劳动合同，企业需要提供一笔资金作为对被辞退员工的补偿。辞退福利通常采取在解除劳动关系时一次性支付补偿的方式，也有通过提高退休后养老金或其他离职后福利标准的方式，或者将职工薪酬的工资部分支付到辞退后未来某一期间。借:管理费用 ， 贷:应付职工薪酬--解除职工劳动关系补偿。
如果不能达到上述要求，则不管是日常的税收征管还是税务稽查，一旦发现企业的职工福利费核算存在问题，都可能责令企业在规定的期限内进行改正，逾期仍未改正的，则很可能对企业发生的职工福利费进行合理的核定。所以，企业必须充分领会国税函[2009]3号《关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》对职工福利费进行规范核算的精神实质，做好职工福利费的核算工作。