沙棘由于拥有200多种活性十分高的生物活性物质，因而在防治消化系统亚健康方面，有着得天独厚的优势。就拿消化系统的各种炎症来说，完全可以通过摄入沙棘油对炎症加以控制。
沙棘可控制克隆氏病的发展克隆氏病，又称节段回肠病、局限性肠炎，是一种发病原因不明确，治疗手段十分缺乏的疾病。克隆氏病通常发生在20～40岁的人群中，病变主要累及回肠末端、结肠、回肠近端、空肠等处。这种疾病的症状主要有腹痛（绞痛、触痛）、体重减轻、身体无力、精神沮丧、恶心、发烧、出血、腹泻。由于没有特殊的治疗手段，一般服用抗菌药物、激素及免疫抑制剂，但效果不明显。严重的需作部分肠子的切除手术，但是术后复发率极高。美国有专家根据克隆氏病也是炎症的论断，让患者进行亚麻酸的口服治疗，结果令人不可思议地取得了显著的效果。国内也有专家对克隆氏病在亚健康状态进行欧咪伽-3口服干预，也取得了意想不到的效果。美国专家对那些在复发期间的克隆氏病患者进行口服亚麻酸的辅助治疗试验，一年后试验结果出来了，82％的患者病情明显好转，59％的人病情稳定，在间歇期也没有复发。这一实验结果，对于克隆氏病及处于临界状态的患者来说无疑是福音。沙棘油中的脂肪酸的优良配比，特别适合克隆氏病及临界状态的患者作辅助治疗时服用。
沙棘可改善胃黏膜损伤现代人的饮食结构中，由于不饱和脂肪酸摄入的过多，因此特别容易引起胃黏膜的损伤。胃黏膜损伤是胃溃疡的临界点，也是消化系统典型的亚健康症状。引起胃黏膜损伤的原因，主要是与多不饱和脂肪酸发生脂质氧化有关，从而波及胃黏膜细胞膜的完整性，导致胃黏膜损伤的发生。胃黏膜损伤是应激性胃溃疡的发病原因，因此，保护胃黏膜不受自由基的攻击，就有可能阻止胃溃疡的发生。令人值得庆幸的是，沙棘中拥有丰富的抗氧化剂，如类黄酮、维生素C、维生素E、β-胡萝卜素及强力的抗氧化物质——超氧化歧化酶SOD。这些抗氧化剂，可以保护胃黏膜细胞膜上的不饱和脂肪酸不被氧化，从而避免胃黏膜的损伤和向胃溃疡发展。
沙棘可减缓食欲不良的症状食欲不良是消化系统亚健康的表现之一。长期食欲差，或食欲减退的人，基本上是有生理和病理两方面的原因。生理方面主要是指中枢神经系统受到人体内外各种因素的刺激，使消化系统的功能失去平衡所致。病理方面的原因就更多了，局部或全身的疾病都可以影响消化系统的正常工作，使胃肠的平滑肌张力减弱，导致消化液分泌减少，酶的活性降低，最后引起人的食欲减退，长久下去会诱发胃肠的疾病。专家在对食欲不良的亚健康患者进行研究时发现，有相当一部分人是由于体内锌这种物质的缺乏所致。锌一般在成年人中的含量约为2～3克，每天的需要量约为11～12毫克。锌是一种活化人体内100多种酶的必需元素，其中包括消化系统所需的酶。此外锌还有左右人味觉的功能，原来锌是人的唾液中味觉素的成分，每个味觉素中均含有两个锌原子，当人体缺锌时，会导致味觉的减退。此外，锌缺乏还会使黏膜增生和角化不全，脱落的上皮细胞阻塞味蕾小孔，使味觉减退，对苦辣甜酸咸失去辨别能力，吃东西时索然无味，因而对食物没有兴趣，从而导致食欲减退。对于这部分亚健康人群来说，补充锌的摄入，能取得立竿见影的效果，而富含锌的沙棘能有效帮助解决患者食欲不良的困惑。