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思想性撰写一篇医学学术论文，首先必需遵守医学科学的道德。其次要有自己鲜明的论点，即全篇的概念与判断要明确，避免含糊不清、主观、片面，以及脱离客观实际。
科学性科技论文的写作应该是为了揭示事物发展的客观规律，探索客观的真理，使之成为人们认识世界、改造世界的指南。而医学科学论文的写作，则是为了解除病人的疾患，保障人民健康，造福于人类的重大举措。因而，从论文的选题、设计、观察研究、归纳分析，直到结论，每一步都必须坚持严肃的态度、严谨的学风和严密的方法（1964年聂荣臻提出）。具体而言：（1）选题：要有足够的科学依据，否则将劳而无公。（2）设计：为了真实的反映客观结果，需要排除一切可能影响结果的主观因素和偶然因素。因而选择的方法与采用的材料要有充分的可比性和随机性。（3）观察研究：真实的反映客观事物及过程，而无任何失真（真实性）；准确的观察和记录，而无增减偏离（准确性）；全面完整的收集资料，而无重要的残缺（全面性）。对于临床研究虽然有时是困难的，但是十分重要的。（4）推理和结论：推理要有逻辑性，结论要有严谨性。不可夸张或抬高自己，贬低他人。必须以客观事实和数据为佐证，而且只有在承受实践的基础上撰写的论文，才最有说服力。
先进性也称创新性。科技论文上科学研究和技术创新成果的科学记录，它不同于一般的专著和教科书，或工作总结。论文应有新的发现与发明，而不是一味重复过去的资料和结论。如搞基础研究，就应选题新颖，方法先进，有新发现或新观点。临床研究应采用更多的病例，或更加深入的观察，或有创新的治疗方法，且疗效更好。这就必需阅读足够的相关文献，了解过去与现在的行情。许多学术论文投向期刊后不被采用，往往其内容就是缺乏新意和创见（如报道100例阑尾手术的体会）。当然不同的期刊有不同层次的要求，如全国性期刊就应该达到国内外领先或先进，地方性期刊则要求地方性先进。只有这样科学才能不断发展，技术才能日益进步。
实用性医学是一门应用科学。除少数纯理论研究的论文之外，绝大多数医学论文应结合医疗、预防的工作实际，力求解决临床实际问题。比如进行动物实验，不单纯是为了进行研究而研究，或为了写几篇文章而研究，而应在动物研究的基础上，在条件成熟的时候，过渡到临床，造福于人民。论文的实用价值越大，其指导作用也就越大，越具重要性，读者也就越欢迎。
可读性医学学术论文的文字要应用规范化的语体文、包括科技语体。要求表达准确、简练、通顺，层次发明，论据严谨，图表清晰，最好还有一定的生动性。要使读者感觉到通顺流畅、毫不费解，能以最少的时间和经历，获得最多的知识和信息。但应切忌华丽情感的修饰，脱离实际的夸张。
规模性科技论文写作要按一定的规范格式。尽管许多科技期刊有着自己固定的写作格式，但在全世界范围内，已日趋统一化、规范化、标准化（如：计量单位一定要标准化）。规范化的格式有利于科技信息的国内、国外交流，也便于文献检索。
上述的6点，科学性、先进性与实用性决定了论文的学术价值，而论文的质量与水平首先是建立在研究课题的学术价值基础之上的。