财务核算不健全且不能准确归集研发费用的企业发生的研发费不得加计扣除。
非创造性运用科技新知识，或非实质性改进技术、工艺、产品（服务）发生的研发费不得加计扣除。
不属于税法列举的研发费用支出不得加计扣除。企业从事《国家重点支持的高新技术领域》和国家发展改革委员会等部门公布的《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南（2007年度）》规定项目的研究开发活动，其在一个纳税年度中实际发生的下列费用支出，允许在计算应纳税所得额时按照规定实行加计扣除： 1.新产品设计费、新工艺规程制定费以及与研发活动直接相关的技术图书资料费、资料翻译费。 2.从事研发活动直接消耗的材料、燃料和动力费。 3.在职直接从事研发活动人员的工资、薪金、奖金、津贴和补贴。 4.专门用于研发活动的仪器、设备的折旧费和租赁费。 5.专门用于研发活动的软件、专利权、非专利技术等无形资产的摊销费用。 6.专门用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发及制造费。 7.勘探开发技术的现场试验费。 8.研发成果的论证、评审和验收费用。
委托外单位进行开发的研发费用，由委托方按照规定计算加计扣除，受托方不再加计扣除。 《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》第6条规定：“对企业委托给外单位进行开发的研发费用，凡符合条件，由委托方按照规定计算加计扣除，受托方不得再进行加计扣除。”
委托外单位进行开发的研发费用，对委托开发的项目，受托方应向委托方提供该研发项目的费用支出明细情况，否则，该委托开发项目的费用支出不得实行加计扣除。
纳税人未按规定报备的开发项目研发费用不得享受加计扣除的优惠政策。企业必须对研究开发费用实行专账管理，同时必须按照《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》附表的规定项目，准确归集填写年度可加计扣除的各项研究开发费用实际发生金额。企业应于年度汇算清缴所得税申报时向主管税务机关报送本办法规定的相应资料。 企业在一个纳税年度内进行多个研究开发活动，应按照不同开发项目分别归集可加计扣除的研究开发费用金额。对纳税人申报的研究开发费用不真实或者资料不齐全的，不得享受研究开发费用加计扣除。也就是说，研究开发费用的减免属于备案式减免，纳税人未按规定报备不得享受加计扣除的优惠政策。
企业集中研究开发的项目的研发费应在间进行合理分摊，各公司申请加计扣除时，应向税务机关依法提供协议或合同，对不提供协议或合同的，研发费不得加计扣除。 企业集团根据生产经营和科技开发的实际情况，对技术要求高、投资数额大，进行集中开发的研究开发项目，其实际发生的研究开发费，可以按照合理的分摊方法在受益集团成员间进行分摊。企业集团采取合理分摊研究开发费的，企业集团应提供集中研究开发项目的协议和合同，该协议或合同应明确规定参与各方在该研究开发项目中的权利和义务、费用分摊方法等内容。
研究开发费用划分不清的，不得享受加计扣除。 企业未设立专门的研发机构或企业研发机构同时承担生产经营任务的，应对研发费用和生产经营费用分开进行核算，准确、合理地计算各项研究开发费用支出，对划分不清的，不得实行加计扣除。
超过5年仍未加计扣除的研发费用，不再继续扣除。根据《企业所得税法》第18条规定：“企业纳税年度发生的亏损，准予向以后年度结转，用以后年度的所得弥补，但结转年限最长不得超过5年。
法律、行政法规和国家税务总局规定不允许在企业所得税前扣除的费用和支出项目，均不得计入研发费用。如《企业所得税法实施条例》第28条规定：'企业的不征税收入用于支出所形成的费用或者财产，不得扣除或者计算对应的折旧、摊销扣除。'如果企业用财政拨款（财政拨款属于不征税收入）用于研究开发费用的支出，在企业所得税上是不允许扣除的，相应也不得享受加计扣除优惠政策。