增值税是价外税，流转税，与企业的亏损无直接的关系，主要销售，主要销项税大于进项税的，就存在增值税与附加税等；
亏损时企业整体收支失衡的结果，主要原因在与毛利率较低，费用较大所致。
企业的销售毛利率越高，增值税率也越高，盈利也越大，国、企双赢。
但是销售毛利率越低，增值税率也越低，盈利也越小，国、企双赢很难。
所以，增值税与盈利还是有间接地关系。
并且增值税是流转税，只在平时发生时申报，不按年交。 企业亏损与否不影响增值税的申报和征收，一般纳税人分查账征收和核定征收方式，而小规模纳税人只按征收率征收，工业按应税收入额的6%征收，商业按应税收入的4%征收。 计算方法是：工业：总收入额/（1+6%）*6% 商业：总收入额/（1+4%）*4% 它与所得税不同，所得税是按年计征，分期预缴，年终汇算清缴，需要进行年度申报。
小规模纳税人要不要交增值税附加税？要交。附加税是与“正税”对应的，是在正税征收的同时，再对正税额外加征的一部分税收。企业只要交正税，也叫流转税（增值税、营业税、消费税、关税等），就要交附加税。如果没有正税，就不用交附加税。如果要交，交哪些附加税?目前我国的附加税就三种：城市建设维护税（7%）、教育费附加（3%）、地方教育费附加（1%或2%，有的地区没有此税）。计税基数为应交流转税额。交增值税或交营业税要不要交印花税和水利基金的？印花税与水利基金不是附加税，因此与正税（增值税）没有关系，交不交正税如果发生应税事项都要交的。印花税的课税对象为合同、工程、租赁、账册、运输、产权转移等，也就是说，如果发生这些事项，就要交印花税。企业比较普遍的是合同与账册的印花税。水利基金是地方征收的基金，严格讲不属于税种，但作为纳税来管理。水利基金有两种征收方式，按金额计征（如每人每年缴纳10元）和按率计征（按销售额或营业额的1‰）。具体如何交税、交多少由当地税务机关（地税）规定。