在微生物学诞生后不久，人们就发现，在动物的消化道中存在有不少微生物。例如在牛、羊、兔等食草动物的胃或盲肠中，就存在大量以细菌为主的微生物群体。由于食草动物摄入的植食性饲料中，纤维素、半纤维素等多糖难以依靠动物体自身分泌的酶液消化，而微生物群体中包含的纤维素消化菌、半纤维素消化菌等可以较好的将多糖转化为低聚糖和寡糖，从而促进对这些营养物质的吸收。
随着医学的发展，人们也注意到，在人类的肠道，尤其是结肠(也就是平常所说的大肠)中，也存在着大量微生物。这些以细菌为主的微生物种类极多，数量极大。据推测，一个正常成人体内，肠道内的细菌总重量可达1-1.5千克，包含的细菌数量则可以达到1014个。
一个成年人自身的细胞数量为1013个，也就是说，居住在我们肠道内的细菌数量，是人体细胞总数的10倍!我们每天排出的粪便中，干重量的50%以上是由这些细菌及其“尸体”构成的。因此有人风趣的说，从数量上来看，我们人类并不应该被称为人类，而应被称作细菌。如此庞大的细菌群体驻扎在肠道内，构成了一个极为复杂的集体。这个集体，就被称作肠道菌群。
正常人肠道内，生存着大量对身体有益的“有益菌”，在寄居地形成一层“菌膜免疫屏障”，这些有益菌能抑制有害菌的生长繁殖，将有害菌与肠胃隔离，防止肠胃受到侵害，保护肠胃健康。但由于现代环境污染、食物中农药化肥残留、饮食不健康、生活不规律、滥用抗生素等等因素，使肠道内的有害菌大量增加，有益菌大量减少，菌群失调，菌膜免疫屏障被破坏，于是引起多种健康问题和慢性疾病。
由于肠道菌群的主体是共生菌，因此肠道菌群失衡的主要表现为共生菌比例的下降。自然而然的人们想到可以通过直接补充共生菌，或通过补充促进共生菌生长的物质，来达到调节肠道菌群的目的。目前，人们最常作为共生菌补充的是乳酸杆菌和双歧杆菌，同时也有少量链球菌等。在我们的生活中经常听到的名词“益生菌”，主要指的就是这几类细菌。通过适当的方式适度的补充这些益生菌，可以一定程度上达到调节肠道菌群组成、进而改善健康状况。END