杀菌灭藻剂具有分散和广泛的特点，能够控制水中的一些细菌的生长，有很强的粘泥剥离的作用，还能进行分散和渗透的作用，同时杀菌灭藻剂是一种阳离子的活性剂，是一种非氧化的杀菌剂。
杀菌灭藻剂的毒性小，所以适用于一些石油、电力和纺织行业中的水循环的冷却系统。
杀菌灭藻剂的外观的颜色是无色的，或者是微黄色的透明液体，淡黄色的透明液体，还有一种固态的，流动性非常好，不过这种杀菌灭藻剂对皮肤是没有刺激，如果有液体弄到皮肤上可用水冲洗，对于他的保存，一定要放在能够通风干燥的地方，不用的时候要密封。
杀菌灭藻剂对人体是无害的，但是我们在使用的时候也要尽量避免对皮肤的接触，因为他毕竟是一种化学品，如果经常对皮肤进行接触，多多少少还是对皮肤有影响的。
处理效果达不到要求，且随着应用时间的延长，逐渐失效。
部分在水中分解为次氯酸根和余氯，形成生物膜滋生的“温床”，生物膜粘附在管道及设备内，造成管道堵塞，设备故障。
很大一部分受循环水pH影响，杀菌灭藻效果有一定局限性。
存在很多不稳定因素，如产品的稳定性、持效性。
存在很多安全隐患，如：毒性、残留物、滋生代谢物(生物膜)等。
代谢产物氯根容易对钢铁设备造成腐蚀。
可以在投入杀菌灭藻剂之前先用水稀释开，注意水温，一般在60度左右即可，不可超过70度，否则会影响杀菌灭藻剂的活性，之后进行过滤即可使用，投放时，可一次加足，也可以每班加一次，定点投放；
使用加药漏斗投放：这种方法是比较直接也是比较简单的一种，我们可以把适量的杀菌灭藻剂放入漏斗中，按照一定的速度直接投放到锅炉中即可；
如果锅炉中带有杀菌灭藻剂的水箱，无省煤器，遇到这种方法我们可以直接投放到水箱中，药品就可以直接伴随供水系统送到炉内达到杀菌灭藻效果；
定期投放，这种方法的排污率在7%左右，但是要保证每班有一次排污，时间控制在50s左右即可，注意如果排污处理之后没有出现水位变化，就需要检查管线是否被阻塞杀菌灭藻剂。