在实践中，重要的是微观层次上的企业如何在人力资本与物力资本之间以及人力资本之间进行分配，而目前大多数是出于激励的角度来进行业绩评价与绩效考评，激励部分的确定则缺乏理论依据，因此应加强人力资本内部收益分配方面的研究，以有效地指导实践。
人力资本内部收益分配主要应遵循下述原则：一是按贡献分配原则。按人力资本创造的价值来分配，提高价值驱动，实现价值分享，真正实现按劳分配。二是效率优先、兼顾公平原则。效率实质上是按能力分配的公平性所带来的结果。不同人力资本的差异主要是能力上的差异，不等量的人力资本投资应得到不同的回报，这是公平与效率的双重体现。投资与回报的均等是公平的根本内涵，这种公平的直接结果就是对效率的更大促进，从根本上杜绝了平均主义的滋生和蔓延。此外，强调效率会使人力资本发挥更大的积极性和创造性，最终带来经济的进一步发展和繁荣。由于人力资本的复杂性，不可能达到真正完全的公平，因此从实现企业价值最大化的角度看，应首先注重效率，其次实现效率下的公平
三是风险与收益共担原则，使人力资本具有可抵押性。针对人力资本不具有抵押性以及流动性较强等特点可设置抵押风险金，每次按一定比例进行分配，剩余计人该风险金，以后用此风险金进行补偿或者扣除。四是差异原则。人力资本具有异质性的特点，因此应区别不同主体差别对待。由于每个人受教育程度不同、在各自岗位上工作时间不同、工作经验与娴熟程度不同、知识与能力不同，必然造成每个人收益分配额不同。
人力资本内部收益分配影响因素，(一)外部环境 一是社会认同度。一个尊重知识和人才的社会氛围必然会为人力资本展现价值提供良好的激励环境，这就要求社会承认人力资本价值的特殊性，并给予人力资本较高的回报。目前社会还没有完全形成对人力资本的认同感，由于长期受物本主义的影响。人们只是认同对人力资本的激励，而对于人力资本参与收益分配则没有形成共识。二是人力资本市场。人力资本市场的形成和运作，为企业投资者提供了一个广泛评价、筛选人才的平台。人力资本的选拔和任用必须经过市场的评判和检验，形成一种公平竞争、优胜劣汰的用人机制。当代信息经济学认为声誉是一种传递信息的重要途径，是约束人们行为的一种有效方式，而成熟的人力资本市场是形成企业人才声誉的有效途径，同时也是激励约束人力资本所有者的一种有效机制，因此，人力资本市场是信息传递的一种渠道。三是资本市场。而言，资本市场是其实施人力资本收益分配的基本依托。在有效的资本市场，股票的经营状况和高管人员业绩。
而言，由于没有一个反映其价值的市场，因此可以用人力资本市场以及相关法律法规对其进行反映及约束。四是社会保障体系。社会保障与员工利益和社会稳定有着密切的关系，社会保障体系不健全将制约企业人力资本的利用效率。社会保障的主要作用是帮助人们降低生活和工作中可能遇到的风险，保障社会成员的基本生活，增强其安全感，从而使人力资本潜能最大限度地发挥出来。五是相关的法律法规。相关法律法规的完善，一方面可以避免人力资本产权在生产经营中受到非法侵犯，保护企业人力资本所有者的合法权益;另一方面可以直接约束企业人力资本所有者的行为，对于一些采取违法措施获得不当利益的人员进行法律制裁，保护投资者权益。六是中介评估机构。中介评估机构能否保持中立和诚信地履行职责，所披露的信息真实可靠，是股票期权等收益分配模式有效运行的基础。因此，应大力培育和引进资本市场中介机构，提高服务质量，严格规范运作，有效防范风险。
内部环境，治理结构。公司治理结构是资产所有者与经营者及其他利益相关者之间关系的一种制度安排，由此决定了企业为谁服务，由谁控制，风险和利益如何分配。治理结构是在委托代理关系下的物力资本一元化的格局，随着人力资本产权的建立，理应成为人力资本和物力资本所有者利益格局即二元化的利益格局，企业新的目标便可表述为此二元利益主体的双赢，企业价值的最大化也体现为物力资本所有者和人力资本所有者二元经济利益主体的财富最大化。因此在我国应建治理结构，这是完善我国企业人力资本参与收益分配的客观保证。二是人力与物力之间的博弈。企业生产要素的稀缺性决定了生产要素投入者的谈判力度，在物力资本稀缺的时代，物力资本所有者拥有绝对的谈判权，在这种情况下，人力资本没有力量来参与分配;而到了知识经济时代，人力成为最稀缺的要素，因此，人力资本相应获得了谈判权，现代企业被视为人力资本与物力资本之间的一个合约，应通过二者的力量对比来决定分配份额。
人力资本内部收益分配基本程序 首先在人力资本与物力资本之间进行博弈;然后再进行人力资本内部的博弈，得到每个人应分得的份额。人力资本的价值可以分为人力资本存量与增量，人力资本存量用岗位工资来体现，人力资本增量用其贡献价值来表现。其中人力资本内部之间进行价值分配的基本程序是：先将企业内部所有人员划分层次，确定每个人的岗位工资(基本工资)，然后按照人力资本的贡献价值分配给各层次，再对每一层次用层次分析法(AHP)决定每个人收益分配的比例。
物力资本与人力资本之间的博弈分配 进入知识经济时代后，人力资本已成为经济发展的原动力和企业生存与发展的核心要素，现代企业的根本特征是“以人为本”，人力资本被视为创新的源泉，因此产生了现在的管理入股、技术入股、员工持股等多种激励方式。只有让人力资本所有者参与企业的收益分配，得到应得的份额，才能充分调动人力资本的积极性，将人力资本潜能最大限度发挥出来，实现企业价值最大化，使物力资本所有者也能增加其分配额，达到人力资本与物力资本的共赢局面。
人力资本各层次间的分配 主要包括以下几点：一是人力资本的层次划分。按职能将企业人力资本所有者分为经营管理型、技术创新型、生产服务型三类。经营管理型主要指具备较高的智能和知识以及分析问题和解决问题的能力，并承担一定责任和风险，运用现代科技进行经营与管理活动的智力劳动者，其劳动具有非程序性、创新性、决策性、风险性、随机性等特点，可见，经营管理型人力资本是企业中要求最高的一种人力资本。技术创新型指对企业的日常经营运作的某一方面具有独到的和特殊的见解，通过其充满创新型智慧的劳动，促进生产劳动、服务劳动提高效率，促进经营管理提高水平的劳动者，其劳动具有非程序性、创新性、高专用性、复杂性、风险性等特点。生产服务型指在工作中不需要劳动者个人发挥较多的或者较复杂的智力劳动，而只需要遵循固有的工作规范或工作程序即可，人力资本的劳动其内容有较多重复，创新的技术含量不高，工作性质也以消耗体力为主，其劳动具有程序性、低专用性、重复性、流动性等特点。
二是人力资本岗位工资的确定。可采用岗位薪金制，在对工作岗位分析和时间研究的基础上，按照劳动责任、劳动强度、劳动条件等评价因素，确定薪酬等级和薪酬标准。由于现在大部分企业实行的薪酬制度都包括岗位工资(基本工资)，因此对于这一部分，企业可直接采用现有的制度。该部分是劳动者价值的补偿，是生活的保障。对于基本工资，现行制度将其作为成本费用在税前列支，在此笔者认为工资是分配的一种形式，是对于人力资本对企业所作贡献的预先列支，由于人力资本的特殊性，人力资本的效用发挥具有很大的弹性，预先补偿可以使人力资本的效用潜能最大限度地发挥出来，因此应对人力进行预先补偿，该部分是人力资本所有者维持简单再生产的必要保证，期末再根据贡献大小补偿差额。此外，如果人力资本不要求事先补偿，则需要从参与税后利润净分配中来得到补偿，得不到税前列支的好处，而作为成本费用的工资则可以从税前列支，因此在现行制度下，从对企业有利的角度出发，工资仍应作为成本费用在税前列支，但其实质是人力资本的事先补偿。针对目前高层管理者的分配方式，可以一部分采取工资形式发放，即税前列支，而补偿部分在税后支付，这样可以减少企业税收负担，使人力资本分享份额达到最大。
三是人力资本各层次价值分配额的确定。由于人力资本具有可变性，因此可用贡献价值来反映其变动，也即该人力资本本期对企业创造的贡献，按照其对本期创造的贡献分配新增价值，分配过程是动态的。在分配时采用纵向层次进行分配，可以使各层次人员都能按照实现企业目标的方向努力，从而有效避免以部门为考核单位造成各部门各自为政，只考虑自身的利益而置企业整体目标于不顾。此外，对于每一层次的最后几名，要采取一定措施，如将其应得的部分折扣一定比例，这样能有效避免搭便车现象。针对人力资本与物力资本相比抵押性不强的问题，可以对每个人设定一个基本的人力资本账户，在参与分配时按人力资本账户余额参与，而最终只分配应得到的比例，剩余部分作为抵押基金计入个人账户，待离开企业时作最终分配。