淡水具体处理步骤： (1)将船外机发动机复位。 (2)拆下顶罩。 (3)用清水冲洗发动机的外部，除去泥浆、杂草等;如果发现有沙粒进入动力组件内，发动机零件就有可能被损坏，此种情况下，绝对不能再次启动发动机。 (4)从发动机上拆下ECU，尽可能排进MAP传感器软管中的水，但不得从ECU上拆下软管。 (5)将ECU放入恒温箱，在摄氏50度下烘干2个小时左右后取出。 (6)用电子燃油喷射测试仪测试ECU，看测试读数是否达到要求。
(7)拆下火花塞，将发动机水平放置，使火花塞安装孔朝下，缓慢转动飞轮，尽量排尽动力组件中的水。 (8)将发动机发转过来，从火花塞安装孔处向气缸中灌入乙醇，然后缓慢转动飞轮，使动力组件得到清洗。 (9)向每个气缸灌入20-30毫升的发动机润滑油，然后缓慢转动飞轮，使动力组件得到进一步清洗润滑。 (10)拆下电子燃油压力泵的进油软管，排尽燃油/蒸汽分离器的水。 (11)拆下燃油后滤器及分水燃油滤器，清除所有沙粒及碎削。 (12)拆下进气字管罩，翻转发动机，使进气吱管朝上。 (13)向各簧片组件灌入20-30毫升的发动机润滑油，然后缓慢转动飞轮，是各簧片组件得到进一步清洗润滑。
(14)用压缩空气吹干所有的导线及电气组件。 (15)保养发动机起动电动机。 (16)将干燥后的火花塞安装好。 (17)加入新配置好的燃油，对发动机进行试起动。如果发动机能够正常运转，应该使发动机运转一个小时以上，以进一步排除发动机体内的积水。 (18)如果发动机不能正常运转，就要进一步检查燃油、电气、机械等个系统是否有问题。
海水具体处理步骤： (1)如果船外机整体落入海水中，ECU的MAP传感器多数已经损坏，必须更换ECU. (2)发动机从水中复位后，必须尽可能是发动机运转起来并持续2个小时以上;否则会进一步造成发动机内部零件的严重损坏。 (3)如果经过检查保养，船外机发动机不能正常运转起来，就要尽快请专业修理工对发动机进行分解清洗所有的零部件，并使之充分润滑。