痰标本1. 实验室不应处理少于2 mL 的痰标本，除非这份标本是完全脓性的。2. 除了纤支镜后标本外，每24 小时只应送1 份痰标本。假如实验室收到多于1 份的痰标本，晨起第1 份痰标本或显微镜检查显示无口咽部污染的标本应被处理。3. 每份痰标本都应进行直接显微镜检查以评估该标本是否代表下呼吸道分泌物的情况。4. 支气管标本应该先通过革兰染色来确定是否合适用来培养。如果革兰染色未见细菌或每个低倍视野鳞状上皮细胞大于10个，支气管标本可以拒绝进行培养。
伤口标本1. 直接进行革兰染色可以评判出其中中性粒细胞和鳞状上皮细胞，从而确定标本是样品表面的还是深的伤口标本。2. 表皮伤口标本或者未放在合适的厌氧培养容器中的标本不应该做厌氧培养。医生应该使用临床经验判断是否需要进行厌氧培养。3. 压疮（褥疮）的病原学诊断非常困难，标本的选择不应使用拭子。压疮的拭子标本往往反映皮肤表面定植，并且不太可能发现病原体。4. 单纯使用“伤口”这个术语是不恰当的。这个标本特定解剖部位的名称应该一直伴随着该标本。5. 标本应该选择正在病变边缘的标本而不是脓液性改变和病变的碎片。伤口标本不容易采得合格是因为其表面会有污染菌和大量定植菌群。
脊髓液标本1. 标本应该离心提取沉淀物，然后直接使用革兰染色观察结果。2. 如果标本处理被推迟, 脊髓液应放置在35 ℃ 的孵箱中, 直到它可以接种到培养基为止。脊髓液永远不应该被放在冰箱里。3. 脊髓液的直接抗原检测可能无法提供准确的结果，因此不被提倡。
咽喉和鼻咽标本1. 咽喉标本应仅常规检测和培养β 溶血性链球菌。化脓性链球菌作为首要的考虑是因为它能够导致后遗症。2. 从咽喉培养分离出的菌株不应该做抗菌药物敏感试验，除非患者对青霉素过敏。3.咽喉培养出的大肠杆菌通常不报告。大肠杆菌很少引起咽炎，但可以定植在咽喉作为下呼吸道感染的潜在病原。4.鼻窦炎可以临床诊断而不需要取标本进行培养。适合的标本应该是鼻窦穿刺吸取物而不是采样拭子。5.采集咽喉标本进行直接抗原检测与进行培养一样重要。
阴道和子宫内膜标本1. 通常，阴道培养不具有临床价值，实验室应尽量拒绝处理此类标本。2. 子宫内膜标本应该用不受污染的吸刮匙采集，并在厌氧容器中放置。这些标本应同时做需氧和厌氧培养。3. 青春期前女孩的阴道标本可通过培养来确定初经期前外阴阴道炎或性传播疾病的病原体。
混杂的标本1.在眼部的培养中，营养丰富的巧克力平板应该用来培养嗜血杆菌，脑膜炎奈瑟菌或生长缓慢的革兰阴性杆菌。2.组织活检标本在处理前应该先用无菌的接种环搅拌混匀或用研磨器研磨，是否做厌氧培养要根据需求或是临床医生是否发现有恶臭的气体来决定。3. 胃部标本通常不会产生有意义的培养结果，除非对于婴儿败血症或肠梗阻的老年人。